חוקרים במכון לחקר נוירולוגי לילדים של טקסס (NRI) ובמכללת ביילור לרפואה פיתחו כלי חדש חזק במאגר הצבירה של הגנום (GNOMAD) כדי לחדד את דיוק הבדיקה הגנטית – פריצת דרך עם השלכות ישירות על אבחנות וטיפול בחולים ברחבי העולם.
היצירה, שפורסמה ב תקשורת טבע, מיישם שיטה הנקראת השקעת אבות מקומית (LAI), המפוררת את הגנום לקטעים ספציפיים לאבות כדי לספק תובנות מדויקות יותר על הבדלים גנטיים.
מחקר זה מעדכן את המשאבים הגנומיים שלנו כדי לשקף טוב יותר את הספקטרום המלא של השונות הגנטית. על ידי זיקוק אומדני תדירות האלל עבור אוכלוסיות מעורבות, אנו יכולים לשפר את הדיוק של אבחנות גנטיות ולהפחית את הסיכון לסיווג שגוי – בסופו של דבר להועיל לחולים בכל הרקע. "
ד"ר אליזבת אטקינסון, עוזרת פרופסור, המחלקה לגנטיקה מולקולרית ואנושית במכללת ביילור לרפואה וחוקר ראשי ב- NRI בטקסס ילדים
המחקר שנקרא שיפור תדרי האלל ב- GNOMAD באמצעות הסקת אבות מקומית, מייצג צעד עיקרי קדימה בתחום הבדיקה הגנטית והרפואה המותאמת אישית. ד"ר אטקינסון הוא המחבר הבכיר של המחקר, ופרגאטי קור ומייקל ווילסון הם מחברים ראשונים.
בדיקה גנטית היא כלי רב עוצמה לאבחון מחלות. אם גרסאות גנטיות נפוצות באוכלוסייה הכללית, יש סיכוי גבוה יותר שהם יהיו שפירים. עם זאת, הערכות לרוב תדרי האוכלוסייה מבוססות על ממוצעים בין קבוצות גדולות. עבור אנשים שהרקע הגנטי שלהם משקף אבות מיבשות מרובות, כמו אלה המסווגים כאמריקאים אפריקאים/אפרו -אמריקאים או לטינו/אמריקאי מתערבב בגנומד, גישה מצטברת זו יכולה להסוות הבדלים חשובים בין מרכיבי אבותיהם.
הצוות של ד"ר אטקינסון יישם את השקעת האבות המקומיים (LAI) כדי לטפל בבעיה זו. במקום להסתכל על הגנום בכללותו, לאי מפרק אותו לקטעים המתחקים לאבות יבשתיים שונים (למשל, אפריקאים, אירופאים או ילידים אמריקאים). לאחר מכן חישב הצוות עד כמה נפוץ כל גרסה נמצאת בתוך כל קטע אבות. זה חשף כי גרסאות רבות שנחשבו כנדירות בנתונים גלובליים נפוצים למעשה ברקע מסוים של אבות.
"ההבדלים הללו אינם רק אקדמיים", אמר ד"ר אטקינסון. "יש להם השלכות קליניות."
החוקרים מצאו כי בקבוצות האמריקאיות האפריקאיות/אפרו-אמריקאיות והלטיניות/התערבות, יותר מ- 80% מהאתרים הגנטיים היו בעלי תדירות גבוהה יותר לפחות במערכת הספציפית של אבות אחד ממה שדווח בעבר. במקרים מסוימים, זה דוחף את הגרסא מעל סף קליני מרכזי המשמש את המכללה האמריקאית לגנטיקה רפואית וגנומיקה (ACMG) כדי לסווג גרסא כפיר. זה יכול להוביל לסיווג מחדש מדויק יותר של גרסאות שעלולות להתפרש באופן שגוי.
הנתונים הספציפיים לאבות אבות זמינים כעת באופן ציבורי באמצעות Gnomad, ומספקים לחוקרים, קלינאים ומעבדות בדיקות גנטיות בכל רחבי העולם עם כלי מדויק יותר לפרשנות שונות גנטית.
ד"ר אטקינסון אמר ד"ר אטקינסון כי "Ancestry הוא מורכב, ולשים תווית יחידה על חולים אינה הדרך המדויקת ביותר לאבחן אותם. "במחקר זה אנו מתקדמים לעבר שיקול ניואנס יותר של אבות."
