הסוכנות לביטחון הבריאות הבריטית (UKHSA) פרסמה היום את אסטרטגיית הפתוגן הגנומיקה שלה, המתארת תוכנית 5 שנים לתפקידו של הארגון באספקה רחבה יותר של גנומיקת פתוגנים כדי להתכונן ולתגובה לאיומי מחלות זיהומיות על בריאות הציבור.
האסטרטגיה החדשה קובעת תוכנית לשיפור יכולתה של UKHSA לזהות ולהבין את הפתוגנים המהווים את הסיכונים הגדולים ביותר לאוכלוסיית בריטניה, מה שיסייע להבטיח שהחלטות מדיניות ובריאות הציבור יהיו מבוססות על הראיות המדעיות הטובות ביותר.
רצף גנומים של פתוגנים כדי לבחון את הקוד הגנטי שלהם יכול לחשוף מידע חיוני על זהותם ומוצאם. בשילוב עם נתונים ומחקרים בריאותיים אחרים, זה הופך לכלי רב עוצמה להבנה כיצד פתוגן מתנהג באוכלוסיה אנושית ומדוע.
אנו יכולים להשתמש בגנומיקה כדי לזהות איומים חדשים, כדי:
- לזהות התפרצויות ולמצוא את מקורן
- לעקוב אחר העברת מחלות בין אנשים
- להבין אם התגובות החיסוניות של האדם יהיו מגנות
- לבחור את החיסונים היעילים ביותר עבור האוכלוסייה
- לזהות עמידות לאנטי-מיקרוביאלית ולקבוע את הטיפולים האופטימליים עבור אנשים
תגובת מגיפת COVID-19 הראתה לנו שניתן לשלב את הגנומיקה במלואה במערכות בריאות הציבור ויכולה להודיע על קבלת החלטות מקומית, ארצית וגלובלית. בריטניה הגישה למעלה מ-3 מיליון רצפי SARS-CoV-2 לבינלאומי GISAID מסד נתונים במהלך המגיפה, רבע מהכלל העולמי ויותר מכל מדינה אחרת מלבד ארה"ב.
מאז, הגנומיקה המשיכה להראות את ערכה – זיהוי התפרצויות המועברות במזון, עוזר לנו להעריך את הסיכון של פתוגנים מתעוררים כמו mpox ושפעת ועוזר להודיע על בחירת הטיפול במחלות כמו שחפת.
אסטרטגיית גנומיקת הפתוגנים של UKHSA מכירה בכך שגנומיקת פתוגנים היא מרכיב חיוני בבקרת מחלות זיהומיות מודרניות, והיא תבטיח שבריטניה תישאר בחזית המחקר הגנומי, פיתוח ויישום גנומיקה כדי להועיל לבריאות הציבור, להגן על חיים ופרנסה.
על ידי מינוף התשתיות הקיימות, הקיבולת והיכולות המדעיות, האסטרטגיה מתווה את החזון של UKHSA לגנומיקה פתוגנים בחמש השנים הבאות באמצעות שבע יעדים אסטרטגיים. אלו הם:
- שימוש בנתונים גנומיים של פתוגן כדי לייעל את קבלת ההחלטות הקלינית/בריאות הציבור, מהגדרות מקומיות ועד גלובליות;
- שימוש בנתונים גנומיים של פתוגן כדי להניע שיפורים באבחון, חיסונים וטיפולים;
- מתן שירות גנומיקת פתוגנים מתואם ארצית;
- תמיכה בטרנספורמציה של גנומיקת פתוגן בכוח העבודה בתוך ומעבר ל-UKHSA;
- התחייבות לשיתוף נתונים גנומי פתוגן ולשיתוף פעולה גלובלי;
- מניע חדשנות בגנומיקת פתוגנים;
- בניית שירותים גנומיים של פתוגן בעלי השפעה גבוהה שיש להם תמורה טובה לכסף
כל אחת מהמטרות האסטרטגיות הללו תתמוך ותגביר את יכולת בריטניה ב-3 אזורי בריאות ציבוריים מועדפים, בהתאמה ישירה עם סדרי העדיפויות של UKHSA:
- עמידות לאנטי מיקרוביאלית;
- זיהומים מתעוררים ואבטחה ביולוגית;
- מחלות הניתנות למניעה של חיסונים ותוכניות חיסול.
ד"ר מירה צ'אנד, סגנית מנהלת זיהומים מתעוררים ומובילה קלינית לתוכנית הגנומיקה ב-UKHSA אמרה:
גנומיקת פתוגנים היא מרכיב חיוני ביכולת העולם להגיב במהירות לאיומי מחלות זיהומיות, בין אם על ידי הגברת המהירות שבה נוכל לזהות פתוגנים מתעוררים או לשלוט בהתפרצויות, או על ידי שיפור ההבנה שלנו לגבי אילו טיפולים או חיסונים עשויים להיות יעילים.
אסטרטגיית הגנומיקה הפתוגנים החדשה של UKHSA תספק לנו מסגרת להתבסס על היכולת הממשית שלנו בתחום זה, וליישם גנומיקה בכל עבודתנו כדי לשמור על בטיחות הציבור מאיומים על בריאותו".
פרופסור דיים ג'ני הריס, מנכ"לית UKHSA אמרה:
מומחים בבריטניה בתחום הגנומיקה הפתוגנים תרמו תרומה חיונית לתגובת מגפת COVID-19 והגנומיקה הפתוגנים נותרה מרכזית במאמץ הלאומי והבינלאומי לשמור על ביטחון הציבור מפני סוגים רבים אחרים של איומי מחלות זיהומיות, משחפת ועד למפוקס ועופות. שַׁפַעַת.
אנחנו יודעים שזה יהפוך חשוב עוד יותר בשנים הבאות, והאסטרטגיה החדשה שלנו תבטיח ש-UKHSA תמשיך להיות בחזית יישום הטכנולוגיה הזו כדי לשמור על הקהילות שלנו בטוחות, להציל חיים ולהגן על פרנסות."
השרה לאסטרטגיית בריאות האישה, מריה קולפילד אמרה:
זיהוי איומי מחלות זיהומיות חדשות, זיהוי התפרצויות ומציאת מקורן, ומעקב אחר העברת מחלות דרך הקהילה הם בעלי חשיבות קריטית בשמירה על המדינה מפני איומים על בריאות הציבור.
אסטרטגיה חדשה זו שפורסמה על ידי UKHSA תעזור לנו לזהות ולנתח את הפתוגנים המהווים את האיום הגדול ביותר על אוכלוסיית בריטניה, ולהגיב אליהם במהירות וביעילות."
מקרי מקרה של ההשפעה האחרונה של UKHSA Genomics
סלמונלה
באפריל 2022, UKHSA השתמשה ברצף הגנום השלם (WGS) לזהות וליידע את התגובה למוצרי שוקולד מזוהמים. השוקולד היה מזוהם בסוג מאוד מובחן של סלמונלה, מאשכול גנטי שלא נראה בעבר בבריטניה.
לפני הופעת הגנוטיפים, לא תמיד יכולנו לאשר בוודאות אילו אורגניזמים קיימים במוצרים מזוהמים, מה שמפריע לקבלת החלטות בנוגע להחזרת מזון. כעת, רצף הגנום מספק את בסיס הראיות הדרוש כדי להודיע על החלטות אלה ברמת ביטחון גבוהה בהרבה.
הודעה מוקדמת על גילוי ההתפרצות, יחד עם חקירות אפידמיולוגיות ושיתוף מהיר של מידע רצף מיקרוביולוגי, סיפקו אישור לקשר בין מוצרי החברה להתפרצות. מעקב שגרתי באמצעות WGS היה מכריע בזיהוי המקבץ הגנטי הייחודי.
בעקבות ההתראה, השוואות של נתוני בריטניה עם רצפים לאומיים במדינות אחרות חשפו מקרים נוספים הקשורים להתפרצות ברחבי אירופה. נפתחה חקירה רב-מדינות גדולה יותר והביאה לזיהוי של מוצרי שוקולד מאותו עסק כמקור ההתפרצות.
גרסת SARS-CoV2: אלפא
במרץ 2020, בזמן שחקרו עלייה בלתי מוסברת במקרי COVID-19 בקנט, מדענים מהארגון הקודם של UKHSA, Public Health England, רצפו את הגנום של דגימות שנלקחו מאנשים עם COVID-19.
הניתוח שלהם הראה שמספר רב של רצפים אלה היו דומים מאוד ונבדלים מבחינה גנומית מדגימות אחרות של SARS-CoV-2 שרוצבו בבריטניה עד לאותה נקודה. זה היה הזיהוי הראשון של גרסת האלפא של SARS-CoV-2, גרסת עם רמות העברה גבוהות בהרבה מהגרסאות הדומיננטיות של אותה תקופה.
ללא השימוש ברצף גנומי, היה לוקח הרבה יותר זמן עד לפקידי בריאות הציבור להבין את משמעות המקרים הגואה בקנט, והתערבויות להאטת התפשטותו היו מתעכבות משמעותית. למעשה, השימוש ברצף גנומי מנע אשפוז, ואף מוות, של אנשים רבים יותר.
גרסת SARS-CoV2: Omicron
בנובמבר 2021, תוכנית הרצף הגנומי של UKHSA זיהתה את המקרים הראשונים של וריאנט Omicron של SARS-CoV-2 בבריטניה, לאחר שזוהו בעבר בדרום אפריקה, בוצואנה והונג קונג.
מהירות הגילוי הזה – מה שלא היה אפשרי ללא רצף הגנום השלם (WGS) – פירוש הדבר שצוותי הגנת הבריאות בבריטניה הצליחו לנקוט בפעולה מהירה כדי להאט את התפשטותה הלאה.
Omicron המשיכה והפכה לגרסה הדומיננטית של SARS-CoV-2 ברחבי העולם, אך העיכוב שהשימוש ב WGS קנה את בריטניה שוב פירושו שניתן היה לבצע התערבויות לפני שהיא השתלטה, להפחית את ההשפעה הפוטנציאלית שלה ולהפחית את מספר האנשים בסכנת אשפוז ומוות.
גרסת SARS-CoV2: BA.2.86
בשנה שעברה השתמשו מדענים בנתוני רצף גלובליים כדי לזהות שושלת SARS-CoV2 עם מוטציה יוצאת דופן. לאחר שזוהו כגרסה חדשה, הצלחנו לעקוב אחר הופעתו בבריטניה ולזהות ולשלוט במהירות בהתפרצויות מקומיות.
הידע שלנו על מוטציות אפשר לנו במהירות לקבוע יעילות חיסונים ובדיקות אבחון באמצעות תוכנית של עבודת מעבדה כדי לקבוע שחיסונים נוכחיים והתקני זרימה צידית (LFDs) יעילים נגד BA.2.86.
שחפת (שַׁחֶפֶת) ועמידות לאנטי מיקרוביאלית (א.מ.ר)
בשנת 2017, Public Health England (PHE), אחד מהארגונים הקודמים של UKHSA, הכריזה על השימוש החלוצי שלה ברצף הגנום השלם (WGS) באבחון וניהול שַׁחֶפֶת. בריטניה משתמשת כעת WGS ככלי שגרתי ב שַׁחֶפֶת מעקב – מבדיל אותו מרוב שכנות אירופה.
לפני האימוץ של WGS במעבדות, היכולת שלנו לעקוב אחר התפשטות שַׁחֶפֶת בין אנשים היה הרבה יותר מוגבל ופחות מדויק.
כדי לבנות תמונה של איך הנגיף יכול להתפשט בין אוכלוסיות, מדענים קובעים תחילה אם מקרים שונים של שַׁחֶפֶת קשורים.
שיטות קודמות הסתמכו על זיהוי מקטעים חוזרים שנמצאו בקוד הגנטי של החיידק, ולאחר מכן השוואתם לאלו שנמצאו בחיידקים מדגימות אחרות. לעומת זאת, רצף הגנום השלם לוקח את כל הקוד הגנטי של שַׁחֶפֶת חיידקים מדגימות שונות, מה שמאפשר השוואה ביניהם ברמה מאוד מפורטת.
מאז 2015 חלו מספר שיפורים ב שַׁחֶפֶת אבחון עקב הכנסת רצף הגנום השלם, כולל היכולת לקבוע ולנטר שַׁחֶפֶת העברה, להפחית את זמן האבחון של מקרים חדשים מחודש לקצת יותר משבוע, ולעשות בחירות טיפוליות המתאימות ביותר לכל פרט – האטה את צעדת העמידות לאנטי-מיקרוביאלית אצל עמידים לריבוי תרופות שַׁחֶפֶת.
כאשר בעבר זה יכול לקחת עד חודש כדי לאשר אבחנה של שַׁחֶפֶת, אשר את בחירות הטיפול וכדי לזהות התפשטות בין המקרים, ניתן לעשות זאת כעת תוך קצת יותר משבוע. זה מאט את התפשטות המחלה, מודיע על בחירת תרופה מתאימה ומסייע במאבק נגד עמידות אנטי-מיקרוביאלית.
