Optibrium, מפתחת מובילה של תוכנה ופתרונות בינה מלאכותית לעיצוב מולקולרי הודיעה היום על פרסום מחקר שנערך ב-Journal of Computer-Aided Molecular Design, 'Structure-Based Pose Prediction: Non-cognate Docking Extended to Macrocylic Ligands'. המאמר מדגים ש-Surflex-Dock יכול לחזות במדויק את הקונפורמציה המחייבת והכיוון (פוזה) של ליגנדים לא ידועים (לא קשורים), כולל מאקרו-מחזורים.
עגינה מולקולרית היא תהליך קל יחסית לעגינה מחדש של ליגנים ידועים (קוגנטים) של חלבונים, המציגים אחוזי הצלחה גבוהים מאוד. עם זאת, בכל יישום בעולם האמיתי, זה כן לֹא יְדוּעַ שותפים מחייבים שנמצאים בחקירה, כגון חיזוי מצב הקישור של ליגנד מועמד במהלך תהליך עיצוב תרופה. חיזוי אינטראקציות מחייבות בתרחישים אלה מכונה עגינה מולקולרית לא קשורה, שבדרך כלל יש לה שיעור הצלחה נמוך בהרבה. עגינה לא קשורה היא מאתגרת במיוחד עבור תרכובות מקרוציקליות בהתחשב בגודלן ובגמישותן.
באמצעות מערך נתונים של ~1000 ליגנדים, המחקר השווה שיטות עגינה מולקולריות שונות כדי לחזות את הקישור הלא קשור של ליגנדים לא מקרוציקליים ומקרוציקליים. באמצעות שיטת ה-Surflex-Dock, תנוחות נכונות בין שתי התחזיות המובילות זוהו ב-80% מהמקרים, שיעור הצלחה גבוה בהרבה מאלה שנצפו עבור AutoDock Vina ו-Gnina, במיוחד עבור ליגנדים מקרוציקליים. למעשה, ביצועי העגינה הלא-מקרו-מחזוריים של השיטה של Optibrium מתחרים בדיווחים אחרים על עגינה של מולקולות קטנות ללא-מאקרו-מחזוריות.
בנוסף להדגמת הביצועים הבולטים של Surflex-Dock עבור תרחישי עגינה מורכבים, המאמר מספק נקודת אמת לקהילה לקביעת הצלחתן של שיטות אחרות ביישומי עיצוב מולקולריים בעולם האמיתי.
מאמר זה מדווח, לראשונה, על תוצאות מדויקות ביותר עבור קונפורמציה של ליגנד מקרוציקלי וחיזוי התמצאות התואמות את הדיוק המוצג עבור ליגנדים לא מקרוציקליים מגוונים. באופן מכריע, התוצאות המאפיינות את הביצועים של Surflex-Dock הושגו עם אנסמבלים של מבני חלבון תמימים של מאקרו-מחזור. הגדרת רף חדש לעגינה לא קשורה, המחקר שלנו מדגיש כיצד Surflex-Dock מובילה את התחום עבור כימאים המפתחים שיטות מקרוציקליות ומולקולות קטנות כאחד, ומאמת את השימוש בפלטפורמת BioPharmics של Optibrium לפיתוח תרופות מקרוציקליות."
אן קלבס, סמנכ"לית מדעי היישום, חטיבת ביו-פארמיקה, Optibrium
רוצה ללמוד עוד על שיטת העגינה המולקולרית של Surflex-Dock שלנו?
ב-14 בנובמבר, שניים מהמחברים של מאמר זה, אג'יי ג'יין ואן קליב, ידונו בהתפתחויות האחרונות סביב שיטת ה-Surflex-Dock בסמינר המקוון שלנו. הם גם יספקו הדגמה מעשית של Surflex-Dock בפעולה תוך התייחסות למגוון דוגמאות עגינה.
