New England Biolabs (NEB®) הכריזה היום על השקת ערכת ה-NEBNext Enzymatic 5hmC-seq (E5hmC-seq™), שיטה חדשה מבוססת אנזים לזיהוי ספציפי של אתרי 5hmC. הגישה העדינה, המבוססת על אנזימים, מאפשרת תפוקות גבוהות ונתונים באיכות גבוהה, עם טווח קלט של 100 pg עד 200 ng.
בעוד שהחשיבות הביולוגית של שינוי 5hmC פחות ברורה מזו של 5mC, השפע של 5hmC משתנה באופן משמעותי בין רקמות, מה שמצביע על כך שהוא עשוי לשחק תפקיד קריטי בוויסות גנים ובתהליכים ביולוגיים אחרים.
"עד כה, המחקר של 5hmC הפריע בגלל היעדר שיטות זיהוי מדויקות", אמרה פיונה סטיוארט, מנהלת משנה, ניהול תיקי השקעות ב-NEBNext. "בעוד NEBNext Enzymatic Methyl-seq (EM-seq™), תקן הזהב שלנו לזיהוי מתילציה, מזהה גם 5mC וגם 5hmC, הוא לא מבחין ביניהם. בנוסף, שיטות המבוססות על ביסולפיט סובלות מאיכות נתונים מופחתת עקב פיצול הדגימה ואובדן ה-DNA הנובע מהטיפול בביסולפיט המזיק, ובכך מגבילות את התועלת המעשית שלהן.
"כדי להתמודד עם האתגרים הללו, פיתחנו את ערכת ה-NEBNext Enzymatic 5hmC-seq, המאפשרת זיהוי ספציפי של אתרי 5hmC באמצעות זרימת עבודה של המרה אנזימטית דו-שלבית", אמר סטיוארט. "השיטה האנזימטית ממזערת נזק ל-DNA ומאפשרת הבחנה של 5hmC מציטוזין לא שונה ו-5mC לאחר Illumina® רצף. בנוסף, ניתן להפחית נתוני E5hmC-seq מנתוני EM-seq, מה שמאפשר קביעה מדויקת של אתרי 5mC ו-5hmC בודדים."
הערכה כוללת את הריאגנטים הדרושים להמרת E5hmC-seq והכנת ספרייה התואמת לרצף Illumina; primers אינדקס לריבוי זמינים בנפרד. מודול המרה זמין גם עבור יישומים מעבר להכנה לספרייה.
למידע נוסף, בקר בכתובת www.NEBNext.com.
