FastuKB הוא כלי חדשני שפותח במיוחד כדי לייעל ולשפר את זרימות העבודה המחקרות תוך שימוש בבנק הביולוגי בבריטניה, תוך התייחסות יעילה למגבלות המפתח של פלטפורמות קיימות כמו פלטפורמת ניתוח המחקר BioBank בבריטניה (RAP). אחת התכונות הבולטות ביותר שלה היא פונקציונליות מיצוי נתונים בתפזורת פורץ דרך, ההופכת משימות קידוד מורכבות באופן מסורתי לפעולות קליקים אינטואיטיביות. זה מתאפשר באמצעות ממשק ידידותי למשתמש המצויד בתפריטים נפתחים ומבנה עץ משתנה היררכי, ומאפשר לחוקרים לנווט ללא מאמץ ולבחור את הנתונים שהם צריכים. בניגוד ל- RAP, המגביל את המשתמשים לבחור רק 30 משתנים בזמן-מכשול משמעותי ליעילות אנליטית-FastuKB מאפשר מיצוי של מספר בלתי מוגבל של משתנים בפעולה יחידה. יתרה מזאת, היא תומכת בחילוץ נתונים בין ישויות מרובות, כולל נתוני משתתפים (הכוללים מידע דמוגרפי בסיסי ופנוטיפים קליניים), נתוני פרוטאומיקה מנתוני Olink_Instance, נתוני גנומיקה, נתוני הדמיה עצבית והדמיית לב, נתוני מטבולומיקה ונתוני פיקוח על פעילות גופנית מפעילות, בין אחרים. בהשוואה לכלים קיימים כמו UKBREST ו- UKBTOLS, FastuKB בולט בכך שהוא מציע יכולות מיצוי אצווה רחבות יותר, התאמת שדה אוטומטית ומחסום טכני נמוך בהרבה, מה שהופך אותו לנגיש למגוון רחב יותר של חוקרים.
מעבר למיצוי נתונים, FastuKB מתפקד כמרכז עיבוד נתונים וניתוח מקיף של נתונים, ומספק תמיכה מקצה לקצה לאורך כל תהליך המחקר, מניקוי נתונים ועד ניתוח סטטיסטי מתקדם. מודול בקרת האיכות הספציפי לרפואה המובנה שלו נועד לטפל באתגרים הייחודיים של נתוני הביובנקים הבריטיים בבריטניה, לזהות ולתמודדות אוטומטית על ערכים חסרים המסומנים על ידי קידומים מיוחדים כמו -1, -3 ו- -7, וגילוי מחיצות המבוססות על מומחיות רפואית לסמן ערכים בלתי סבירים פיזיולוגיים. בנוסף, היא ממירה את מערכת הקידוד הייחודית של BioBank בבריטניה לסיווגים סטנדרטיים המוכרים לחוקרים ומאמידה צולבת את העקביות ההגיונית בין משתנים קשורים כדי להבטיח את אמינות הבסיס האנליטי. FastuKB גם מפשט את המשימה הגוזלת זמן לעיתים קרובות לייצר טבלאות אופייניות בסיסיות העומדות בסטנדרטים של כתבי עת רפואיים מהשורה הראשונה. על ידי מאפשר למשתמשים לבחור משתנים ושיטות קיבוץ, הכלי בוחר אוטומטית שיטות סטטיסטיות מתאימות המבוססות על סוג נתונים והפצה, מבצע בדיקות סטטיסטיות רלוונטיות לחישוב ערכי P בין קבוצות ומייצר את טבלת הבסיס בצורה חלקה. יתרה מזאת, היא מציעה מגוון רחב של כלי ניתוח סטטיסטיים מתקדמים, כולל רגרסיה לינארית, רגרסיה לוגיסטית, מודלים של סכנות פרופורציונליות של COX, ניתוח תת-קבוצתי, ניתוח אינטראקציה, ניקוד סיכון פוליגני וניתוח רגישות-נגיש לכל הגדרות פרמטרים פשוטות, תוך ביטול הצורך בקידוד מורכב.
יתרון מרכזי נוסף של FastuKB הוא מערכת ההעלאה המותאמת אישית שלה ומערכת ההתאמה החכמה שלה, המשפרת משמעותית את הגמישות ואת תחולתו של הכלי. החוקרים יכולים להעלות רשימות תעודות זהות בהתאמה אישית בפורמטים של CSV, XLSX או TXT, והמערכת תתאים באופן מושכל ותמצה נתונים מדגימות ספציפיות אלה, ותאפשר בחירת מדגם מדויקת לעיצובים שונים של מחקר אפידמיולוגי כמו מחקרים בקוהורט ובקרה על מקרה. לדוגמה, במחקרי בקרת מקרה, משתמשים יכולים להעלות מזהי קבוצת ביקורת תואמים, והמערכת יכולה אפילו לזהות אוטומטית את הדגימות המתאימות ביותר המתאימות ביותר בתוך בנק הביולוגי בבריטניה על סמך משתנים שצוינו כמו גיל, מגדר ומצב סוציו-אקונומי. מערכת זו תומכת גם בהעלאת המשתנים המותאמים אישית לשילוב עם נתונים גולמיים ביו-בנקים בבריטניה, כולל נתונים חיצוניים מפלטפורמות אחרות, משתנים נגזרים כמו ציוני סיכון למחלות, ומבטיחה בקרת גרסאות נתונים ברורה כדי להבחין בין נתונים מקוריים ועומדים על ידי המשתמש.
FastuKB כבר הוכיחה את ערכה ביישומים מעשיים. במחקר שבדק את הקשר בין דפוסי שינה, סיכון גנטי ודלקת מפרקים שגרונית מקרית, הכלי חילץ ביעילות מדדי התנהגות שינה של 375,133 משתתפים. באופן דומה, במחקר שבדק פרופילי מטבוליט פלזמה הקשורים לתזונה Eat-Lancet ומחלות מעי דלקתיות, הוא הקל על עיבוד של כמעט 900 מטבוליטים, מה שמאפשר לחוקרים להתמקד בשאלות מדעיות ולא בפרטים טכניים. בעודם המותאמים כיום למבנה הנתונים של הביובנק ולמערכת הקידוד המשתנה בבריטניה, הארכיטקטורה המודולרית של FastuKB מיועדת למדרגיות, כאשר פיתוח עתידי עשוי להרחיב את המסגרת שלה כדי להתאים למערכי נתונים ביו-רפואיים גדולים אחרים כמו Finngen או לכולנו. על ידי הורדת המחסום לגישה וניתוח מערכי נתונים ביו -רפואיים גדולים, FastuKB דמוקרטיזציה של מחקר, מאיץ את מחזור המחקר, משפר את איכות המחקר ובסופו של דבר תורם לקידום הידע הרפואי ולתרגום הממצאים לתרגול קליני.
