מחקר שפורסם בכתב העת טֶבַע מספק את השכיחות של זיהום מתמשך בתסמונת נשימה חריפה בקורונה 2 (SARS-CoV-2) ברמת האוכלוסייה ומתאר כיצד זיהום מתמשך עשוי לתרום לאבולוציה ויראלית.
מחקר: שכיחות של SARS-CoV-2 מתמשך במחקר מעקב קהילתי גדול
רקע כללי
זיהום מתמשך כרוני ב-SARS-CoV-2 נחשב לתורם הסביר ביותר להופעתם של גרסאות ויראליות שונות מאוד עם כושר משופר. בפרט, זיהום ויראלי נמשך חודשים ואף שנים בחולים עם דכאי חיסון שאינם מסוגלים לנקות את הנגיף מהגוף בגלל מערכת חיסון מוחלשת.
במהלך זיהום כרוני, SARS-CoV-2 נחשף למערכת החיסון של המארח וללחצים סלקטיביים אחרים הנובעים מטיפול ארוך טווח. זה יכול לעורר רכישה של מוטציות חדשות בגנום הנגיפי, מה שמוביל להופעתם של וריאנטים ויראליים מאוד שונים שיכולים לגרום להתפרצויות חדשות בקהילה.
במחקר זה, מדענים העריכו את השכיחות של זיהום SARS-CoV-2 מתמשך באוכלוסיית בריטניה הכללית וחקרו את תרומתם ל-COVID הארוך ואת הפוטנציאל שלהם לאבולוציה ויראלית אדפטיבית.
ללמוד עיצוב
המדענים אספו נתוני רצף ויראלי, תסמינים ונתונים אפידמיולוגיים מהמשרד לסטטיסטיקה לאומית של COVID Infection Survey (ONS-CIS), מחקר מעקב רחב היקף מבוסס קהילה שנערך בבריטניה.
הם השתמשו בנתונים כדי לזהות אנשים עם זיהומי SARS-CoV-2 ברמת טיטר גבוהה שנמשכו חודש או יותר. הם השוו שינויים אבולוציוניים ויראליים, עומס נגיפי, מספר התסמינים המדווחים ושכיחות של COVID-19 ארוך (תוצאות פוסט-חריפות של COVID-19) בין אנשים עם וללא זיהום מתמשך ב-SARS-CoV-2.
תצפיות חשובות
המדענים ניתחו 93,927 רצפי SARS-CoV-2 באיכות גבוהה מנתוני ONS-CIS. הרצפים נאספו בין נובמבר 2020 לאוגוסט 2022 מ-90,146 פרטים שחיו ב-66,602 משקי בית ברחבי בריטניה.
ניתוח הרצף זיהה 381 זיהומים מתמשכים עם עומס ויראלי גבוה (ערך Ct של 30 ומטה) שנמשכו לפחות 26 ימים. זיהומים אלו נגרמו על ידי גרסאות אלפא, דלתא, BA.1 ו-BA.2 של SARS-CoV-2. מבין כל הזיהומים המתמשכים, 54 נמשכו לפחות 56 ימים. הזיהום הממושך ביותר היה בגרסה BA.1, שנמשכה לפחות 193 ימים.
כ-68% מדגימות הזיהום המתמשך שזוהו לא הראו הבדלי נוקלאוטידים ברמת הקונצנזוס במהלך ההדבקה, מה שמצביע על כך שרצפים שזוהו מזיהומים מתמשכים שייכים לאותו זיהום.
היעדר שינויים בקונצנזוס שנצפו בין כמה זוגות של דגימות שנאספו מאותו זיהום הצביע על הסתגלות מוגבלת בתוך המארח (אבולוציה ניטרלית או בחירה חלשה). ניתוח נוסף של רצפים ללא שינויי קונצנזוס לאורך ההדבקה הצביע על כך שהנגיף משתכפל ככל הנראה במהלך ההדבקה למרות שלא קיבל שינויים בהסכמה.
למרות עדויות משמעותיות לבחירת מיקום חלש, המחקר זיהה 277 מוטציות ייחודיות ו-18 מחיקות ייחודיות אצל אנשים שנדבקו בהתמדה. תצפית זו מצביעה על תקופה של ברירה חיובית חזקה. רבות מהמוטציות הללו זוהו בעבר כמוטציות חתימה בווריאציות של SARS-CoV-2 של דאגה, מוטציות חוזרות בחולים עם דכאות חיסונית או מוטציות מפתח באתרי יעד לנוגדנים חד שבטיים.
המחקר זיהה שתי מוטציות (T1638I ו-T4311I) שהופיעו פעמיים במהלך זיהומים מתמשכים. מוטציות אלו היו מזיקים במידה קלה בהתבסס על הפילוגניה העולמית. כפי שהוזכר על ידי המדענים, מוטציות אלו עשויות להיות מועילות ברמת המארח אך מזיקות ברמת בין המארח, מכיוון שמוטציות שנבחרות במהלך זיהום מתמשך נוטות להיות טובות יותר בהעברה בין פרטים.
כ-82% ממקרי הזיהום המתמשך שזוהו הראו דינמיקה של עומס נגיפי מתאושש, כלומר, התעוררות מחודשת בעומס הנגיפי לאחר ירידה ראשונית במהלך ההדבקה. ממצא זה מדגיש את נוכחותן של אוכלוסיות ויראליות משכפלות בזיהומים מתמשכים.
לגבי ההשלכות הקליניות, המחקר מצא שאנשים עם זיהומים מתמשכים נשארו בעיקר אסימפטומטיים בשלבים המאוחרים של ההדבקה. אנשים עם זיהומים מתמשכים הראו סבירות גבוהה יותר ב-55% לדיווח עצמי על מחלת ה-COVID 12 שבועות או יותר לאחר ההדבקה בהשוואה לאלו עם זיהומים לא מתמשכים.
משמעות המחקר
המחקר מעריך כי השכיחות של זיהומי SARS-CoV-2 מתמשכים הנמשכים לפחות 60 יום היא כ-0.1-0.5% באוכלוסיית בריטניה הכללית. זיהומים אלה עלולים להוליד גרסאות ויראליות חדשות עם נופי מוטציה שונים.
