מדעני מכון ואן אנדל זיהו יותר מ-1,000 חלבונים שלא זוהו בעבר בדגימות מטבוליטים נפוצים, אשר נמשכים למרות שיטות מיצוי שנועדו לנכש אותם.
הממצאים, שפורסמו ב תקשורת טבע, נותנים למדענים תובנות וכלים חדשים לשיפור ניסויי מטבולומיקה עתידיים, כולל פרוטוקול חדש להסרת חלבונים אלה במהלך תהליך המיצוי. המחקר אינו מבטל תוצאות קודמות אלא מחזק את החשיבות של בקרות ואימות מתאימות בתכנון וניתוח ניסויים.
התקדמות מדעית מתרחשת לעתים קרובות באמצעות שילוב של מקריות והתבוננות חדה. במקרה הזה, שמנו לב לתוצאה מוזרה במהלך ניסוי, חפרנו בה ומצאנו את הנוף העצום הזה של חלבונים שהחליקו על ידי מיצוי מטבוליטים סטנדרטיים. חלבונים אלה יכולים לטשטש תוצאות ועלולים לתרום לתוצאות חיוביות ושליליות שגויות. אנו מקווים שהממצאים שלנו יעלו את המודעות לנושאים הפרוטאומיים הללו ויחזקו עוד יותר את תחום המטבולומיקה".
ריאן שלדון, Ph.D., מנהל ליבת הספקטרומטריית המסה של VAI והמחבר המקביל של המחקר
ההנחה היא שהכימיקלים המשמשים למיצוי מטבוליטים הורסים חלבונים הנמצאים בדגימות, ובכך מונעים מהם להפריע לניתוח הסופי. המחקר מדגים שחלבונים מסוימים מחזיקים מעמד, מה שעשוי לשנות את הפנוטיפ הרצוי של הדגימה שחולצה ולשנות את התוצאות.
כדי לסנן את החלבונים שעלולים להיות בעייתיים אלה, שלדון ועמיתיו הוסיפו שלב סינון לתהליך המיצוי הסטנדרטי שלהם שמסיר חלבונים גדולים מ-3 קילודלטון -; סף שמקיף את רוב החלבונים.
"בסופו של יום, אנחנו יכולים לקבל את המכשור הטוב ביותר בעולם, אבל אם יש בעיות בהכנת דגימות, אז הטכנולוגיה יכולה לקחת אותנו רק עד כה", אמר שלדון. "הבטחת שהפנוטיפים שלנו נקיים מכל חלבונים מבלבלים היא קריטית להשגת תוצאות מדויקות. הממצאים שלנו עוזרים לנו לעשות בדיוק את זה".
