לוקמיה לימפובלסטית חריפה (ALL) הוא סרטן הילדות השכיח ביותר, המייצג יותר מ-30% מכלל המקרים בילדים. מחקר פיילוט ב כתב העת לאבחון מולקולרי, שפורסם על ידי Elsevier, מאשר את ההיתכנות של יישום זרימת עבודה של ניתוח רצף RNA (RNA-Seq) לאבחון קליני של תת-סוגים מולקולריים בלוקמיה לימפובלסטית B-acute (B-ALL) בילדים. הבדיקה הגנומית העולמית המבטיחה והחסכונית הזו עבור B-ALL עשויה להוביל לאבחון מדויק יותר וכן לאפשרויות טיפול ממוקדות.
ALL מורכב ממכלול של תת-סוגים מולקולריים מגוונים, כל אחד עם דפוס רגישות לתרופה, תגובת טיפול ואפילו פרוגנוזה משלו. חשוב לזהות תת-סוגים ספציפיים, במיוחד בעידן הנוכחי של רפואה מותאמת אישית. עם זאת, זיהוי דורש מערך של כלי פרופיל, מה שהופך את התהליך לעמלני ויקר.
חוקרת מובילה שותפה גורדנה רקה, MD, PhD, המחלקה לפתולוגיה ורפואת מעבדה, בית החולים לילדים בלוס אנג'לס, מסבירה, "מטרת המחקר הייתה להתייחס למגבלות של בדיקות טיפול סטנדרטיות (SOC) הנוכחיות עבור B-ALL לילדים, שאינן יכולות לזהות תת-סוגים מרובים שהתגלו לאחרונה של המחלה. רצינו גם לנצל את נתוני הביטוי שנוצרו על ידי מבחן RNA-Seq המבוסס על העשרה מאומת קלינית במעבדה שלנו לזיהוי היתוכים אונקוגניים בסרטן כדי להעריך אם ניתוחי נתונים נוספים יכולים לסייע בקביעת סיווג תת-סוגים בנוסף למידע היתוך עבור B שלנו -כל המקרים."
החוקרים סקרו נתונים ארכיוניים קליניים, מורפולוגיים, אימונופנוטיפיים ומולקולריים וכן נתונים שיוריים של DNA, RNA ודגימות דם היקפיות של מח עצם קפוא ו/או לוקמיה מבדיקות קליניות קודמות בקבוצה של 76 מטופלים ילדים. התוצאות נותחו מ-61 חולים שזה עתה אובחנו ו-25 חולים עם B-ALL הישנות/עקשנית, שעברו אפיון ציטוגנטי ומולקולרי כחלק מהטיפול הקליני הסטנדרטי שלהם במרכז לרפואה מותאמת אישית בבית החולים לילדים בלוס אנג'לס בין מרץ 2016 לספטמבר 2020. הם שיערו ש-RNA-Seq, ששימש בגילוי תת-סוגים מולקולריים חדשים של B-ALL, יכול להיות גם כלי שימושי קלינית לסיווג אבחון של מקרי B-ALL.
כדי לבדוק השערה זו החוקרים ניתחו נתוני RNA-Seq ב-28 מקרים של B-ALL עם תת-סוג ידוע ו-48 עם תת-סוג לא מוגדר לאחר ניתוח קריוטיפ קליני, פלואורסצנטי באתרו הכלאה, מיקרו-מערך כרומוזומלי, ובדיקת פאנל היתוך DNA ו-RNA של הדור הבא (OncoKids®). ניתוח RNA-Seq זיהה במדויק את תת-הסוגים בכל 28 המקרים הידועים וקבע את תת-הסוג הגנטי ב-38 מתוך 48 המקרים שלא היו ידועים בעבר (79%). ניתוח RNA-Seq הצליח גם לזהות היתוכים אונקוגניים, חריגות במספר העתקות גדול, וריאנטים של רצף נקודה חמה אונקוגנית וגרסאות תוך-גניות. IKZF1 מחיקות.
חוקר מוביל משותף Zhaohui Gu, PhD, המחלקה לרפואה חישובית וכמותית וביולוגיה מערכות, מכון המחקר בקמן בעיר התקווה, דוארטה, אומר, "המחקר הראה שמקרי B-ALL עם תת-סוגים ידועים על ידי בדיקת SOC תאמו לחלוטין את הסיווג המבוסס על RNA-Seq. בנוסף, ניתוח RNA-Seq איפשר לנו לסווג בהצלחה חלק גדול מהמקרים שנותרו לא ידועים לאחר SOC מקיף. סיווג מבוסס RNA-Seq היה קל יחסית ליישום במעבדה אקדמית בגודל בינוני תוך שימוש בנתונים ממבחן היתוך עם תוקף קליני".
ד"ר ראקה מוסיף, "ניתוח RNA-Seq מאפשר קביעה מדויקת של תת-הסוג הגנטי עבור שיעור מוגבר של מקרי B-ALL בילדים, מה שיאפשר ריבוד סיכונים מדויק יותר ואופטימיזציה של ניהול המטופל. קביעת תת-סוג מדויקת באבחון גם תגדיל את הידע שלנו על מורפולוגי, אימונופנוטיפי , ומאפיינים קליניים של תתי סוגים חדשים של B-ALL. הופתענו מתדירות גבוהה יחסית של כמה מתתי סוגים חדשים של B-ALL (כמו PAX5Alt ו-DUX4) בקבוצת המטופלים שלנו, אשר נותרו לא מאובחנים על ידי בדיקת SOC. המחקר גם הביא לגילוי של כמה מיזוגים שלא דווחו בעבר."
ד"ר ראקה אומר, "המחקר הראה שסיווג מבוסס פרופיל ביטוי, שעד היום שימש בעיקר במחקר, יכול להיות גם בדיקה קלינית חזקה מאוד עבור B-ALL לילדים. כבדיקה יחידה, היא מאפשרת קביעת תת-סוגים בשיעור גבוה יותר של מקרים מאשר בדיקות SOC רב-מודאליות מקיפות שבוצעו במוסד שלנו. לכן, יש לה פוטנציאל להגדיל הן את התפוקה האבחונית והן את היעילות של בדיקות B-ALL."
במאמר מערכת נלווה, שון HR Lee, MD, Khoo Teck Puat-המכון לרפואת ילדים של האוניברסיטה הלאומית, מערכת הבריאות של האוניברסיטה הלאומית, סינגפור, והמחלקה לרפואת ילדים, בית הספר לרפואה יונג לו לין, האוניברסיטה הלאומית של סינגפור, מסכים כי RNA-seq הוא ללא ספק אחד מהכלים היחידים החזקים ביותר – או אפילו הפוטנציאליים ביותר – ליצירת פרופיל סומטי ב-B-ALL בילדים. עם זאת, הוא גם מציין שזה עדיין שנוי במחלוקת אם RNA-Seq כאמצעי הסיווג הבלעדי מומלץ לכל המקרים בהינתן כמה מגבלות מובנות, במיוחד במקומות שבהם צינורות אנליטיים עשויים להיות לא חזקים כל כך.
ד"ר לי מעיר, "בסך הכל, RNA-seq כפלטפורמת אבחון ALL גנומית אחת סומטית טומנת בחובה הבטחה עצומה, אם כי עדיין עם פערים נלווים. במקרים מסוימים, אימות של מקרים חיוביים על ידי שיטה חלופית (כגון בדיקת איחוי אונקוגני וריצוף DNA) עדיין עשוי להיות טעון. גישה נכונה יותר. הבדיקה זקוקה לשיפור נוסף כדי להשיג מידע מקיף על מוטציות מעבר לזה של תת-טיפוס מולקולרי כדי להפוך אותה לנגישה גלובלית. ככל שאנו מתקדמים לעידן הרפואה המדויקת, המידע המסופק על ידי בדיקה זו טומן בחובו הבטחה מצוינת בהנחיית רלוונטיות וסיכון טיפול מרובד בסרטן הילדות הזה."
