זיהומים על ידי הנטאוירוס הם נדירים אך מסוכנים, והורגים 30-40% מהאנשים הנגועים. כאשר מתרחשים מקרים, פקידי בריאות הציבור זקוקים למידע מהיר ומפורט על הנגיף כדי לזהות את הזן ואת מקורו, כדי שיוכלו למנוע מאחרים להיחשף למחלה. רצף גנום שלם הוא חלק בלתי נפרד מעבודה זו, אם כי קשה לרצף את הגנום של הנגיפים הללו באמצעות גישות קיימות.
שיטה חדשה לרצף גנום שלם של הנטאווירוסים משפרת את האסטרטגיות של ימינו לזיהוי התפרצויות. המיקרוביולוגית ג'נט מנסון, Ph.D., שהובילה את פיתוח השיטה, הציגה אותה השבוע בוושינגטון הבירה ב-ASM Microbe 2026. מנסון הוא עמית APHL-CDC במחלקת בריאות הציבור של קליפורניה.
כ-30 בני אדם נדבקים בנגיפים בארצות הברית מדי שנה, על פי המרכז לבקרת מחלות ומניעתן, ורוב המקרים בארה"ב נגרמים על ידי וירוס Sin Nombre, הנישא על ידי עכבר הצבי. ריצוף גנום שלם יכול לעזור למיקרוביולוגים ולאפידמיולוגים להבין טוב יותר את המורכבות של הנטאווירוסים. הרצף ביד יכול גם לעזור לחוקרים להתחקות אחר זיהומים. "כשיש התפרצות או אפילו מקרה, אנחנו צריכים לדעת היכן האדם הזה נחשף כדי שנוכל למנוע מאנשים אחרים להיחשף", הסביר מנסון.
עם זאת, רצף נגיפי הנטאווירוסים הללו יכול להיות קשה בגלל מבנה הגנום המורכב שלהם, המגוון הגנטי הגבוה והריכוזים הנמוכים של נגיפים לעתים קרובות שנמצאים בדגימות אנושיות. כתוצאה מאתגר זה, מעט רצפי גנום שלמים זמינים לציבור.
כדי להתגבר על המכשולים הללו, מנסון ועמיתיה תכננו תחילה פריימר – גוש קטן של חומר גנטי הנקשר לוירוס – שיכול לזהות ולהיצמד לגנום במהלך ההמרה של RNA ויראלי ל-DNA. לאחר מכן, הם פיתחו שיטה לרישום כל מקטע גנום בחתיכה אחת ארוכה. עבור דגימות בעלות ריכוז ויראלי נמוך, החוקרים הוסיפו שלב שני להגדלת תפוקת הגנום. גישה זו מאפשרת לבצע רצף מוצלח של דגימות שאם לא כן יהיה להם מעט מדי חומר ויראלי לנתח.
בבדיקות מעבדה, גישת הרצף שלהם יצרה נתוני רצף גנום שלם מ-35 דגימות מכרסמים שכבר נמצאו חיוביות לנגיף Sin Nombre. וזה כבר הוכח שימושי בשטח: במקרה האחרון, אמרה מנסון, היא הצליחה להתאים את רצף הגנום מאדם נגוע לזה של מכרסם שנתפס ליד ביתו של האדם. מידע מסוג זה עוזר למדענים לאשר היכן אנשים נחשפים לנגיפים של הנטא, ומשמש כדי לסייע במיקוד טוב יותר של התערבויות בריאות הציבור וחינוך למקומות שהכי זקוקים לו.
מנסון אמרה שהיא מקווה שהכלי יהיה שימושי מעבר למחלקת בריאות הציבור של קליפורניה. בעוד שבמדינות אחרות יש שיעורי שכיחות גבוהים יותר של זיהום אנושי, לרבים אין את המשאבים כדי ליצור ולשמור על רצף גנום שלם עבור וירוסים נדירים יותר. השיטה החדשה, לדבריה, "זולה יחסית להתקנה" בהשוואה לטכנולוגיות נפוצות אחרות. מכשיר הרצף, שניתן לחבר למחשב נייד, עולה רק כ-3,000 דולר.
החוקרים מרחיבים כעת את השיטה כדי ליישם אותה על הנטאווירוסים מעבר ל-Sin Nombre. והם התקדמו, לאחרונה השתמשו בו כדי לרצף את הגנום של וירוס הדומה לנגיף האנדים מאדם שנסע לפרגוואי בשנה שעברה.
"אנחנו באמת רוצים להבין טוב יותר את המגוון של הנטאווירוסים ברחבי ארה"ב, ואנחנו רוצים להיות מסוגלים להסתכל על סמנים של אבולוציה ויראלית, רק כדי להבין מה קורה", אמר מנסון.
