HUPO הבינלאומי, Bruker Corporation הכריזה היום על תוספות חדשות של למידת מכונה ל-Bruker ProteoScape™ תוכנה לאימונופפטידומיקה וניתוח PTM. בנוסף, OmniScape חדש™ זרימות עבודה מאפשרות זיהוי דה נובו מהיר ובטוח ואפיון פרוטאופורמים. הגדלת ההשקה של timsOmni™השילוב של SampleStream של IPT™ הטכנולוגיה מספקת תפוקה גבוהה ניתוח פרוטופורמים מלמעלה למטה, המשלבת שחזור דגימות וניקוי למחקר ביו-פארמה מתקדם.
א. ProteoScape™ משלב למידת מכונה מתקדמת עם TIMS DIA-NN, Spectronaut® 20, עבור אימונופפטידומיקה, PTM וגילוי ניאו-אפיטופים דה נובו.
ProteoScape של Bruker™ הפלטפורמה כוללת כעת מספר תוספות המתמקדות באימונופפטידומיקה ובשינויים פוסט-תרגום (PTMs), המספקת פרוטאומיקה בעלת תפוקה גבוהה ורגישות גבוהה, עם Spectronaut® 20 (SN20). SN20 מציעה את מנוע החיפוש החדש של Kuiper, שתוכנן במיוחד עבור אימונופפטידומיקה וחיפושי PTM.
פרופ' ד"ר אוליבר שילינג מהמכון לפתולוגיה כירורגית, המרכז הרפואי – אוניברסיטת פרייבורג, פרייבורג, גרמניה, אמר: "Bruker ProteoScape™ הפלטפורמה, עם ספקטרונאוט משולבת ו-TIMS DIA-NN, חיזקה משמעותית את היכולת שלנו לנתח בצורה מהימנה דגימות שמקורן במטופל לאונקולוגיה מדויקת. כעת אנו יכולים לבצע ניתוחים מדויקים ומקיפים של דגימות קליניות מורכבות בזמן אמת, מה שמאפשר לנו להפוך במהירות נתוני ספקטרומטריית מסה למשאב רב עוצמה עם פוטנציאל להשפיע ישירות על החלטות רפואיות. בשילוב עם מודול ה-ProteoScape Novor, מערך זה מקל על הטיפול וניתוח ה-de novo פפטידים בביטחון, אשר שימש מחליף משחק עבור המחקר האימונופפטידומי שלנו וצעד משמעותי לקראת הבנה עמוקה יותר של הנוף החיסוני בסרטן."
בנוסף, ProteoScape™ כולל כעת TagGraph ממעבדת Elias ב-CZ Biohub, המספקת גילוי ניאופפטידים ניתן להרחבה על ידי יישור תוצאות רצף דה נובו מ
חדשות מסחריות
ProteoScape™ Novor עם מסדי נתונים של רצף, מציג שינויים והחלפות חומצות אמינו כדי לחשוף פפטידים שעברו שינוי. יחד עם הדמיה חדשה של מוטיבים של פפטידים כלים אלה מאפשרים ניתוח מדויק של פפטידים המוצגים ב-HLA מקלט הדגימה הנמוך ביותר.
ד"ר ג'ושוע אליאס, CZ Biohub: "על ידי שילוב TagGraph ב-Bruker ProteoScape בפלטפורמת timsTOF, עזרנו למכן חיפושי שינויים פתוחים בפרוטאומיקה מבוססת ספקטרומטריית המונים. יישום זה מייעל את יישור הרצף דה-נובו, מרחיב משמעותית את זיהויי הפפטידים והכנסנו שינויים והצגה של שינויים והחלפות חומצות אמינו סטנדרטיות כנגד 30 כלים סטנדרטיים של אמינו DB המדגימים. ספקטרים מוקצים, כאשר לפחות 20% מהפפטידים החדשים נושאים שינויים בלתי צפויים, התקדמות זו הופכת חיפושי שינויים פתוחים לנגישים יותר, ועוזרת לבסס אותם כתכונה סטנדרטית בתהליכי עבודה של פרוטאומיקה.
חדשות מסחריות
ב. זרימות עבודה חדשניות של glycoproteomics de novo עם timsOmni™ ו-OmniScape מאפשרים אפיון פרוטאופורמים בטוח
עם OmniScape גרסה 2026, Bruker מציגה שיפורים משמעותיים עבור זרימת העבודה ה-Proteomics de novo שלה. התקדמות בולטים כוללים את הציון הספציפי לשאריות והדמיה באמצעות מפת חום של רצף ביטחון לאימות תוצאות. בנוסף, היתרון הייחודי של הפעלה מבוססת אלקטרונים (ECD, EXD ו-EID) ב- timsOmni™ הוכח עבור ניתוח גליקופפטידים מקיף. מבני גליקן מורחבים נשמרו על עמוד השדרה של הפפטידים, מה שמאפשר חקירה נוספת של טופולוגיה של גליקופפטידים רלוונטית מבחינה ביולוגית באמצעות טרשת נפוצהנ ניסויים (איור 2). הרבגוניות של timsOmni™ מאפשר למדענים לאתר במדויק חלקי גליקן ולקבל תובנות מפורטות לגבי PTMs, תוך קידום הבנה מבנית ותפקודית של רשתות ביולוגיות.
איור 2. ECciD על timsOmni™ – ניתוח פפטיד טרנספרין חושף מבני גליקן ומידע על עמוד השדרה של הפפטיד. קרדיט תמונה: Bruker
ד"ר פרנסיסקו אלברטו פרננדס לימה, FIU, ארה"ב: "המעבדה שלנו השתמשה רבות ב-OmniScape לאימות רצף חלבון-PTM דה-נובו ו-Top-Down ממערכי נתונים של ExD ו-UVPD ממכשירי timsTOF ו-MRM-MS. בשונה מגישות חלופיות, OmniScape ידידותית יותר למשתמש ומאפשרת הקצאה/אישור של מקטעים אינטראקטיביים של רמות פרוטאופורמים/חיפוש פנימי של MS-CAlib ו-MAA, כולל חיפושים פנימיים של MS-CAlib, פניות במאגר מידע."
C. Bruker ו-IPT משיקים את SampleStream™– timsOmni™ אינטגרציה עבור פרופיל פרוטופורמים שלם אוטומטי, בעל תפוקה גבוהה.
ה-SampleStream™ הטכנולוגיה של IPT מאפשרת ומייעלת את הניתוח של פרוטאופורמים על ידי ספקטרומטריית מסה, ומספקת שחזור דגימות יוצא דופן וניקוי יעיל. השילוב של טרשת נפוצהנ העשרה על timsOmni™ עם ה-SampleStream™ הטכנולוגיה מתאימה באופן ייחודי לניתוח פרוטופורמים בתפוקה גבוהה.
חדשות מסחריות
איור 3. IPT SampleStream™ משולב ב-Brucker Elute HT מחובר ל- timsOmni™. קרדיט תמונה: Bruker
יחד, אנו רואים הזדמנות משמעותית להביא ניתוח חלבון בתפוקה גבוהה, שלם ומלמעלה למטה לשוק גלובלי רחב יותר. שילוב של SampleStream עם מערכת timsOmni של Bruker שיצאה לאחרונה מייצגת שילוב רב עוצמה שיכול להאיץ חדשנות ואימוץ של סוגי נתונים אלה על פני פרוטאומיקה, ביו-פארמה ומחקר קליני."
ד"ר פיליפ קומפטון, מנכ"ל, Integrated Protein Technologies, Inc.
דניאל הורנבורג, סגן נשיא, סמנים ביולוגיים ורפואה מדויקת, Bruker. "פרוטאומיקה מתפתחת במהירות מעבר למפות חלבון קנוניות. עם החידושים של Bruker, אנו דוחפים את גבולות הניתוח מלמטה למעלה, למשל עבור PTMs וניאו-אנטיגנים של סרטן, ובמקביל, הופכים את פרופיל הפרוטאופורמים ליעיל יותר, נגיש ובטוח יותר. על ידי סגירת הפער בין העולמות הללו, אנו נותנים את הכלים לבי-סיינטולוגיה ולמחקר של מחלות בריאות."
