חיידקים לא ידועים הם תופעה שכיחה בבתי חולים. חוקרים מאוניברסיטת באזל השקיעו שנים רבות באיסוף וניתוחם. הם זיהו מינים חדשים רבים של חיידקים, שחלקם משמעותיים לתרגול קליני.
ניתן לטפל בזיהומים חיידקיים בצורה יעילה יותר אם הגורם למחלה ידוע. ברוב המקרים, כל מה שצריך כדי לזהות פתוגן הוא ניתוח במעבדה רפואית. עם זאת, לפעמים השיטות הסטנדרטיות אינן מספיקות – למשל, אם מיני החיידקים עדיין לא סווגו או שקשה במיוחד לגדל אותו.
צוות מאוניברסיטת באזל ומבית החולים האוניברסיטאי באזל אוסף ומנתח דגימות חולים המכילות חיידקים לא ידועים כאלה מאז 2014. החוקרים גילו יותר משלושים מינים חדשים של חיידקים, שחלקם קשורים לזיהומים רלוונטיים מבחינה קלינית.
ניתוח גנטי מלא
בסך הכל, הצוות בראשות המיקרוביולוג ד"ר דניאל גולדנברגר ניתח 61 פתוגנים חיידקיים לא ידועים שנמצאו בדגימות דם או רקמות של חולים עם מגוון רחב של מצבים רפואיים. שיטות מעבדה קונבנציונליות, כמו ספקטרוסקופיה מסה או ריצוף של חלק קטן מהגנום החיידקי, לא הצליחו לייצר תוצאות עבור כל הבידודים הללו. לכן החוקרים רצפו את החומר הגנטי המלא של החיידקים בשיטה שקיימת רק כמה שנים. לאחר מכן הם השוו את רצפי הגנום שזוהו עם זנים ידועים בכלי מקוון.
מתוך 61 חיידקים שנותחו, 35 לא היו ידועים בעבר. החוקרים סיווגו את 26 הזנים הנותרים כקשים לזיהוי: או שרצפי הגנום שלהם נוספו למאגרי מידע רק לאחרונה או שתיאור טקסונומי נכון של הפתוגנים נוצר רק לפני זמן קצר מאוד. הערכה של נתוני המטופלים הראתה כי שבעה מתוך 35 הזנים החדשים היו רלוונטיים מבחינה קלינית, כלומר הם יכולים לגרום לזיהומים חיידקיים בבני אדם.
קשרים ישירים כאלה בין מינים חדשים של חיידקים שזוהו והרלוונטיות הקלינית שלהם רק לעתים רחוקות פורסמו בעבר."
ד"ר דניאל גולדנברגר, מיקרוביולוג
גורם לזיהומים נדירים
רוב המינים שזוהו לאחרונה שייכים ל- Corynebacterium ו שאליה סוגים, שניהם בזילי גרם חיוביים. "מינים רבים משני הזנים הללו נמצאים במיקרוביום הטבעי של העור האנושי וברירית. זו הסיבה לכך שהם זוכים להערכתם תכופות, והמחקר בהם מועט", הסביר ד"ר גולדנברגר. עם זאת, הם יכולים לגרום לזיהומים כאשר הם נכנסים לזרם הדם – בגלל גידול, למשל.
אחד הפתוגנים הקשים לזיהוי עשוי להיות רלוונטי גם מבחינה קלינית. זה נמצא באגודל מודלק של מטופל לאחר נשיכת כלב. קבוצת מחקר קנדית בודדה לאחרונה גם את החיידק הזה מפצעים שנגרמו מעקיצת כלב או חתול. "זה הוביל אותנו להניח שזהו פתוגן מתעורר שעלינו לנטר", אמר ד"ר גולדנברגר. החוקרים הקנדיים כינו את השם המתאים לחיידק Vandamella animalimorsus (נשיכת בעלי חיים Vandamella) בשנת 2022.
מתן שם למין החדש שלהם הוא גם הפריט הבא ברשימת המטלות של צוות באזל. הם עובדים בשיתוף פעולה הדוק עם פרופסור פיטר ונדאם מאוניברסיטת גנט, מומחה לסיווג חיידקים. שניים מהחיידקים כבר נקראו בשם. אחד הוא Pseudoclavibacter triregionum – הכוונה למיקומה של באזל ליד גבולות שוויץ, צרפת וגרמניה.
עם זאת, הפרויקט שהתחיל על ידי הצוות של דניאל גולדנברגר רחוק מלהסתיים. החוקרים ממשיכים לאסוף באופן שיטתי ולרצף פתוגנים לא ידועים שנמצאו בדגימות חולים מבית החולים האוניברסיטאי בבאזל – עוד עשרים פלוס מינים חדשים כבר זוהו. "שמנו לב לדינמיקה גדולה כאן: הודות להתקדמות הטכנולוגית בבקטריולוגיה, הרבה יותר מתפרסם על מיני חיידקים שהתגלו לאחרונה", הסביר ד"ר גולדנברגר. פיתוח זה יקל בעתיד על אבחון נכון של זיהומים הנגרמים על ידי פתוגנים נדירים ולטפל בהם ביעילות מלכתחילה.
