פרשות ויקהל פקודי הינן שתי הפרשות האחרונות מבין חמש פרשות המשכן, החותמות את חומש שמות. פרשת ויקהל מפרטת את עשיית כלי המשכן ואילו פרשת פקודי מתארת בעיקר את סדר הקמת המשכן. השלב הראשון בהקמת המשכן הינו הכנסת ארון העדות (שמות מ', ב'-ג'): "בְּיוֹם הַחֹדֶשׁ הָרִאשׁוֹן בְּאֶחָד לַחֹדֶשׁ תָּקִים אֶת מִשְׁכַּן אֹהֶל מוֹעֵד וְשַׂמְתָּ שָׁם אֵת אֲרוֹן הָעֵדוּת". רק לאחר הנחת ארון העדות נפרשת הפרוכת, אשר נועדה להבדיל בין הקודש לבין קודש הקודשים (שם) "וְסַכֹּתָ עַל הָאָרֹן אֶת הַפָּרֹכֶת" (וכן ר' שם, מ' כ"א).
תיאור זה תמוה, מאחר שבפרשת תרומה מצווה משה ראשית לתלות את הפרוכת, ורק לאחר מכן להכניס את הארון (שם, כ"ו, ל"ג): "וְנָתַתָּה אֶת הַפָּרֹכֶת תַּחַת הַקְּרָסִים וְהֵבֵאתָ שָׁמָּה מִבֵּית לַפָּרֹכֶת אֵת אֲרוֹן הָעֵדוּת וְהִבְדִּילָה הַפָּרֹכֶת לָכֶם בֵּין הַקֹּדֶשׁ וּבֵין קֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים". מה קדם למה? האם קודם הוכנס הארון ורק אחר כך נתלתה הפרוכת, או שמא קודם נתלתה הפרוכת ורק לאחר מכן הוכנס הארון?
קושיה זו הטרידה רבים מהפרשנים. הרמב"ן (שמות כ"ו, ל"ג) מבאר, כי פרשת תרומה כלל אינה עוסקת בסדר הקמת המשכן, ורק מצווה על יצירת כלי המשכן. הפרשה מתארת את תפקיד הפרוכת – להפריד בין קודש לקודש קודשים, אך אינה מתארת מתי תוקם הפרוכת. רק בפרשת פקודי מפורט סדר הקמת המשכן, ובלשונו: "לא יצונו עתה (בפרשת תרומה) שיעשה כסדר הזה שיתן הפרוכת תחת הקרסים ואחרי כן יביא שמה אל מבית לפרוכת את הארון, כי אין עתה הצואה בהקמת המשכן אלא בעשייתו" (וכן ר' בפירוש המלבי"ם, שם).
הנצי"ב מוולאז'ין (העמק דבר, שמות כ"ו, ל"ג) מביא פירוש שונה, מרתק, המפשר בין שתי הפרשות. לשיטת הנצי"ב גם פרשת תרומה עוסקת בסדר הקמת המשכן. עם זאת, אין סתירה בינה לבין פרשת פקודי. הכיצד? מסביר הנצי"ב: "אלא פירוש ונתתה את הפרכת היינו לתלות את הפרכת ויהא משולשל למעלה ואינו נפרש עדיין עד שיביא את הארון. ואח"כ והבדילה הפרכת היינו שיהא משלשל ומבדיל". לפי הנצי"ב הפרוכת אכן נתלתה קודם להכנסת הארון, כמתואר בפרשת תרומה. עם זאת, הפרוכת נתלתה כשהיא מופשלת, מגולגלת כלפי מעלה. לאחר מכן הוכנס הארון, ורק לאחר מכן שולשלה הפרוכת כלפי מטה באופן בו היא הפרידה בין הקודש ובין קודש הקודשים, כמתואר בפרשת פקודי. הכתוב מדגיש בפנינו את קיומה של הפרוכת במשכן עוד קודם להכנסת הארון לקודש הקודשים. עוד לפני שאנו עוסקים בתוכן, במשמעות קודש הקודשים, במשמעות הקודש, ובערך הכלים שהונחו בהם, עוסקים אנו בהפרדה בין קודש הקודשים ובין הקודש. גם אם הפרוכת מופשלת כלפי מעלה, עדיין חיוני והכרחי שהיא תהיה במשכן עוד קודם להכנסת הארון.
תיאור זה עולה בקנה אחד עם דברי הרב קוק (אורות הקודש, חלק ב', שי"ב): "ההבדלים הם בכלל היצירה. ההבדל בין קודש לחול, עובדות הן, טשטוש צורתם הוא חורבן". בחיינו אנו זקוקים לגבולות, להבדלה בין קודש לחול, בין אור לחושך. ממשיך הרב: "ההתעמקות בהבנה והרגשה בעניין הבדל זה הוא מקור לפרי רוח מרובה. אמנם אחרי כל אלה משיגים בדעה ברורה, שכל אלה הם דברים עוברים, וההתעלות של הכל לקודש, לאחוה, להשויה ולעדינות, הוא הרעיון הנצחי, החי תמיד בכל רוח נדיבה, והזהירות של ההבדלות הנם דברים שוטפים ועוברים, נובעים מחיי שעה". רק לאחר שהפרדנו והבדלנו בין קודש וחול , רק לאחר שעשינו "סדר" בחיינו, והבנו מה טוב ומה רע, מה מרומם ומה ארצי – רק אז מסוגלים אנו באמת לחבר בין העולמות, להחדיר קדושה בכל רבדי החיים, לרומם עצמנו למדרגת קודש הקודשים.
קודש קודשים מסמל, לפי הרב קוק, את החיבור האבסולוטי בין הקודש ובין החול ובלשונו (שם, חלק ב', שי"א): "יש עולם של חול ועולם של קודש. עולמים של חול ועולמים של קודש. העולמים סותרים זה את זה … והן (הסתירות בין הקודש ובין החול) אמנם מיושבות ברום עולם, במכון קודש הקודשים". החיבור בין העולמות הוא נצחי, ההפרדה היא ארעית. עם זאת רק באמצעות ההפרדה אנו יכולים להגיע לחיבור.
פרשות המשכן מלמדות אותנו מהן שאיפותנו הרוחניות. פנינו אל קודש הקודשים, אל החיבור בין העולמות. בד בבד, פרשות המשכן מראות לנו מהו הסדר הראוי בו עלינו להתנהל על מנת לממש את שאיפותנו. אנו זוכרים את המגבלות ואת ההבדלות, איננו מטשטשים בין חול לקודש, בין קודש לקודש קודשים, ובזכות זאת אנו זוכים בחיבורים נצחיים.
