מסד הנתונים המקיף הראשון של מטאנומים של מזון פותח על ידי פרויקט MASTER במימון האיחוד האירופי. המאמר המדעי הקשור 'מגוון מיקרוביאלי שלא נחקר מ-2,500 מטאנומים של מזון וקשרים עם המיקרוביום האנושיפורסם אתמול, יום חמישי, 29 באוגוסט בכתב העת היוקרתי Cell.
המשאב curatedFoodMetagenomicData (cFMD) הוא מסד נתונים אבן דרך של מטאנומים (המונח הקולקטיבי לכל החומר הגנומי מכל המיקרואורגניזמים בסביבה) ממזון שיאפשר לטכנולוגיות ריצוף DNA לפעול בשיא הפוטנציאל שלהן, שיסייעו לחוקרים להתמודד עם העולם העולמי. אתגרים, כמו בזבוז מזון ועמידות לאנטי-מיקרוביאלית, תוך הגברת בטיחות המזון.
לחיידקי מזון יכולה להיות השפעה חיובית על ייצור המזון, כגון תסיסת מזון, או השפעה שלילית, כגון קלקול או מחלות הנישאות במזון. עד לאחרונה, ניתוח של חיידקים אלה הסתמך במידה רבה על גישות מסורתיות הדורשות גידול של מיקרואורגניזמים אלה על אגר בצלחות פטרי, עם אגרים שונים המשמשים למיקרואורגניזמים שונים. ליישום של שיטות מבוססות רצף DNA בתפוקה גבוהה יש פוטנציאל לשנות בדיקות מזון מכיוון שהיא מאפשרת בדיקה מהירה ובו-זמנית של כל המיקרואורגניזמים במקביל, כולל אלה שקשה לגדל.
הזמינות של מסד נתונים חדש זה הוקל על ידי בדיקות מבוססות DNA של אלפי דגימות שנאספו מכל רחבי מתקני עיבוד מזון באירופה. קיומו של בסיס הנתונים החדש פירושו שבעתיד הלאה, ניתן לנתח במהירות ובדייקנות את הנתונים שנוצרו מניתוח מבוסס רצף DNA של דגימות מזון כדי לזהות ולבקר במהירות מיקרואורגניזמים לא רצויים, תוך שיפור התכונות המקדמות את הבריאות של מזונות המכילים רצויים. חיידקים.
מסד הנתונים של cFMD הוא פיתוח מרכזי לחקר המיקרוביום שכן הוא הוסיף 1,950 דגימות מזון לספרייה העולמית הקיימת, והביא את בחירת הדגימות ל-2,500. כמשאב גישה פתוחה, זה מקל על היישום בקנה מידה גדול של טכנולוגיה זו ברחבי העולם על ידי אנשי אקדמיה ותעשייה.
פרויקט MASTER
MASTER ראשי תיבות של Microbiome Applications for Sustainable food systems through Technologies and EnteRprise, והוא פרויקט שותף של 30 במימון האיחוד האירופי Horizon 2020, שהחל בינואר 2019 למיפוי מיקרוביום על פני מגוון של סביבות מזון וחוץ-מזון עם טכנולוגיות רצף חלוציות. . המחקר הובל על ידי צוותים מאוניברסיטת טרנטו ומאוניברסיטת נאפולי פדריקו II (איטליה), טאגסק (אירלנד), מועצת המחקר הלאומית הספרדית ואוניברסיטת ליאון (ספרד), MATIS (איסלנד) ו-FFoQSI (אוסטריה), עם רבים תורמים אחרים.
מתאם פרויקט MASTER פרופסור פול קוטר הוא ראש מדעי הביולוגי של המזון ב-Tegasc (הרשות האירית לחקלאות ופיתוח מזון), וחוקר ראשי ב-APC Microbiome Ireland ו-VistaMilk, מרכזי המחקר המובילים בעולם של קרן המדע של אירלנד (SFI).
ה-cFMD הוא מאגר מידע גדול של מזון מטאנומי, המייצג 15 קטגוריות מזון מ-52 מדינות. ה-cFMD מכיל נתונים המתייחסים ל-3,600 מינים שונים של חיידקים, מתוכם 290 מינים חדשים. הוא זמין ללא תשלום, לשימוש נרחב עבור מחקרים ויישומים של מיקרוביום בתעשיות מזון. לדוגמה, חקר תנועת חיידקים לאורך שרשרת המזון, חקר התפשטות גנים של עמידות לאנטי-מיקרוביאלית, גילוי חיידקים לא רצויים וחקר העברת חיידקים לבני אדם. הזמינות של cFMD מייצגת צעד גדול לעבר עתיד שבו רצף מטאנומי יכול להחליף את המיקרוביולוגיה הקלאסית ככלי מדויק ומהיר יותר למעקב אחר חיידקים בשרשרת המזון."
פרופסור פול קוטר, ראש תחום ביו-מדעי המזון ב-Tegasc
פרופסור דנילו ארקוליני מהמחלקה למדעי החקלאות באוניברסיטת נאפולי פדריקו השני אמר; "הזמינות של מערך נתונים ענק שכולל מטאנומים של מזון וגנומים של חיידקי מזון הולכת לייצג משאב חשוב להפליא עבור מדעני מזון רבים כדי לנצל עוד יותר את התרחשותם ותפקידם של חיידקים במתקני מזון ועיבוד מזון במטרה הסופית לשפר את איכות המזון. , בטיחות וקיימות". פרופסור אדוארדו פאסולי מאותו מכון מוסיף; "המשאב הזה יהווה בסיס לפיתוח מאגרי מידע מטאנומיים מקיפים אף יותר שיכולים להשתלב עם סוגי מזון מסוימים ומיקומים גיאוגרפיים שעדיין אינם מיוצגים".
פרופסור ניקולה סגטה מאוניברסיטת טרנטו, מוסיף; "משאב זה חיוני גם כדי להבין כיצד מיקרוביום המזון יכול להשפיע על בריאות האדם שכן חלק מהחיידקים שאנו אוכלים יכולים להפוך לחברים יציבים במיקרוביום שלנו. מצאנו שמינים של חיידקים הקשורים למזון מהווים כ-3% ממיקרוביום המעי של מבוגרים. , מה שמרמז על כך שחלק מחיידקי המעיים שלנו עשויים להירכש ישירות ממזון, או שמבחינה היסטורית, אוכלוסיות אנושיות קיבלו את החיידקים הללו ממזון ואז המיקרובים הללו הותאמו להפוך לחלק מהמיקרוביום האנושי הם מספקים את המיקרוביום שלנו".
