רקע ומטרות
כלורלה וולגריס היא מיקרו אצה ירוקה ופוטוסינתטית בפילום Chlorophyta. מטרת המחקר שלנו הייתה לבצע ניתוח ביואינפורמטיקה של Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2, אחד מהחלבונים הקשורים לפוטוסינתזה שלו, ולחפש פפטידים ביו-אקטיביים חזקים.
שיטות
כדי ליצור פפטידים ולהעריך את הבטיחות והיעילות של כל פפטיד ביואקטיבי, השתמשנו בכלים BIOPEP-UWM™, PeptideRanker, DBAASP ו- ToxinPred. נעשה שימוש ב-PepDraw כדי להבין את התכונות הפיזיקליות-כימיות והמבנים הכימיים העיקריים של הפפטידים הביו-אקטיביים שנבחרו.
תוצאות
הפפטידים המשוחררים מציגים עד 17 פעילויות ביולוגיות שונות, כפי שמוצג על ידי בסיליקו עיכול החלבון באמצעות מספר אנזימים פרוטאוליטיים. הפפטידים בעלי הפעילות הביולוגית מופיעים כמעכבי אנזים הממיר אנגיוטנסין, מעכב דיפפטידיל פפטידאז IV, מעכב דיפפטידיל פפטידאז III, נוגד חמצון, מעכב רנין, ממריץ ספיגת גלוקוז, מווסת נוירופפטיד (מסדיר את פעילות קרום רירית הקיבה וזרימת יונים), אנטי-תרומבוטי, אנטי-אמנם. , מעכב CaMPDE, מפעילים של פרוטאוליזה בתיווך יוביקוויטין, מעכב אלפא גלוקוזידאז, גורם חיסוני, קושר סידן, אנטיבקטריאלי, אנטי דלקתי והורדת לחץ דם. באמצעות שיטת החיזוי DBAASP (Database of Antimicrobial Activity and Structure of Peptides), נחזה הפעילות האנטי-בקטריאלית של הפפטידים המשוחררים, מה שמדגיש את קיומם של פפטידים אנטיבקטריאליים חזקים. בדיקה של התכונות הפיזיקליות-כימיות שלהם גילתה שרוב הפפטידים הם בעלי משקל מולקולרי נמוך, חומציים עדין ומסיסים במים במידה. כדי לבסס עוד את פרופיל אי-הרעילות של הפפטידים המשוחררים (אורך רצף > 3), בוצע ניתוח ToxinPred, אשר גילה כי רוב הפפטידים אינם רעילים. על פי ניתוח האלרגניות, רוב הפפטידים המדורגים גבוה ככל הנראה אינם אלרגניים.
מסקנות
לפיכך, המחקר שלנו חושף שיטה פחות אינטנסיבית לגילוי מטרות טיפוליות חדשות שמקורן ב C. vulgarisשיש להם משמעות תרופתית ורפואית כאחד.
