מאמר מחקר חדש פורסם ב הְזדַקְנוּת (ברשימה של MEDLINE/PubMed כ"Aging (Albany NY)" ו-"Aging-US" מאת Web of Science) כרך 16, גיליון 3, שכותרתו "פיתוח מודל פרוגנוסטי וזיהוי תת-סוגים מולקולריים בסרטן שלפוחית השתן על ידי חתימות עקה חמצונית. "
מחקרים מצביעים על כך שלחץ חמצוני (OS) תורם באופן משמעותי להתקדמות הגידול. במחקר חדש זה, חוקרים יינג דונג, שיאוקינג וו, צ'אוג'י שו, יאסיר חאמד, מוסטפא א. עבד אל-מקסוד, טאגריד נ. אלמנה, מוחמד ה. קוטוב, וואהידה ה. אל-קהתאני, איימן מ. מחמוד, וויליאם סי צ'ו, ו צ'ן לי מבית החולים העם השני של שנזן, האקדמיה הסינית למדעי הרפואה הסינית, אוניברסיטת פקין, אוניברסיטת איסלמיה של בהוואלפור, אוניברסיטת קינג סעוד, אוניברסיטת וינה, אוניברסיטת מנצ'סטר מטרופוליטן, בית החולים המלכה אליזבת, והאוניברסיטה החופשית של ברלין, התמקדו בסרטן שלפוחית השתן (BLCA) ), גידול ממאיר מתגבר ברחבי העולם שצומח במהירות.
"המטרה שלנו הייתה לאמת את הדיוק החזוי של גנים הקשורים להישרדות כללית (OS) על ידי בניית מודל המחזה תוצאות של סרטן שלפוחית השתן ומעריך את החשיבות הפרוגנוסטית של סמנים גנטיים אלה."
נתונים תעתיקים התקבלו מ-TCGA-BLCA ו-GSE31684, שהם מרכיבים של אטלס גנום הסרטן (TCGA) ו- Gene Expression Omnibus (GEO), בהתאמה. כדי לשרטט תתי-סוגים מולקולריים מובהקים, החוקרים השתמשו בשיטת הגורם המטריצה הלא-שלילי (NMF). המשמעות של גנים הקשורים למערכת ההפעלה בחיזוי התוצאות הוערכה באמצעות רגרסיית לאסו, ניתוח Cox רב משתני וניתוח רגרסיית Cox חד משתנים. לצורך אימות חיצוני, הם השתמשו במערך הנתונים GSE31684. נעשה שימוש ב-CIBERSORT לבדיקת המיקרו-סביבה החיסונית של הגידול (TIME). נומוגרמה נוצרה ואומתת באמצעות עקומות כיול ותפעול מקלט (ROC), המבוססות על חתימות סיכון. הצוות בחן שינויים במאפיינים הקליניים ובנטל המוטציוני של הגידול (TMB) בקרב קבוצות שסווגו כבעלי סיכון גבוה וסיכון נמוך. כדי להעריך את הפוטנציאל של אימונותרפיה, ציון התופעה החיסונית (IPS) חושב על סמך ציון הסיכון. בסופו של דבר, האלגוריתם pRRophetic הופעל כדי לחזות את ערכי IC50 של תרופות כימותרפיות.
"במחקר שלנו, בדקנו את הביטוי של 275 גנים הקשורים למערכת ההפעלה ב-19 רקמות בריאות ו-414 רקמות סרטניות של שלפוחית השתן שהתקבלו ממסד הנתונים של TCGA."
כתוצאה מכך, נוצרה חתימת סיכון חדשה הכוללת 4 גנים הקשורים למערכת ההפעלה (RBPMS, CRYAB, P4HB ו-PDGFRA). החוקרים מצאו שתי קבוצות נפרדות, C1 ו-C2, שהראו שינויים בולטים בתאי החיסון ובניקוד הסטרומה. על פי ניתוח קפלן-מאייר, חולים שסווגו כבעלי סיכון גבוה חוו הישרדות כוללת מופחתת במידה ניכרת בהשוואה לאלו שסווגו כבעלי סיכון נמוך (P<0.001). יכולת הניבוי של המודל צוינה על ידי השטח מתחת לעקומה (AUC) של עקומת מאפיין הפעולה של המקלט (ROC) העולה על 0.6. המודל שלהם הראה הפצה עקבית של דגימות הן ממסד הנתונים GEO והן מנתוני TCGA. שני ניתוחי הרגרסיה החד משתנים והרב משתנים של Cox אימתו את החשיבות של ציון הסיכון ביחס להישרדות הכוללת (P < 0.001). על פי המחקר שלהם, חולים עם פרופיל סיכון נמוך יותר עשויים לחוות יתרונות גדולים יותר משימוש במעכבי CTLA4, בעוד שמטופלים עם פרופיל סיכון גבוה יותר הפגינו רמה גבוהה יותר של היענות לפקליטקסל ולציספלטין. בנוסף, מתוטרקסט הציג תוצאה חיובית יותר בחולים עם סיכון נמוך בהשוואה לאלו עם סיכון גבוה.
"המחקר שלנו מציג מודל חדש הקשור לחתימת הגן של מערכת ההפעלה בסרטן שלפוחית השתן, אשר חושף תוצאות הישרדות ייחודיות. מודל זה יכול לסייע בהתאמת גישות טיפול מותאמות אישית ושיפור האפקט הטיפולי של המטופל בניהול סרטן שלפוחית השתן."
