כדי להבין טוב יותר את התפשטות ה-COVID-19 במהלך המגיפה, פקידי בריאות הציבור הרחיבו את המעקב אחר שפכים. מאמצים אלה עוקבים אחר רמות SARS-CoV-2 וסיכונים בריאותיים בקרב רוב האנשים, אך הם מתגעגעים לאנשים שחיים ללא מחסה, אוכלוסייה פגיעה במיוחד לזיהום חמור. כדי למלא את פער המידע הזה, חוקרים מדווחים ב-ACS' מכתבי מדעי הסביבה וטכנולוגיה בדקו נתיבי מים לבקרת שיטפונות ליד מאהלים לא מוגנים, מצאו דפוסי העברה דומים כמו בקהילה הרחבה יותר וזיהו מוטציות ויראליות שלא נראו בעבר.
בשנים האחרונות, בדיקת שפכים לא מטופלים עבור שכיחות SARS-CoV-2 וגרסאות ויראליות דומיננטיות, כמו גם פתוגנים אחרים, הייתה חיונית כדי לעזור לפקידי בריאות הציבור לקבוע העברת מחלות זיהומיות בקהילות המקומיות. עם זאת, ניטור זה לוכד רק מידע על וירוסים שנשפכים מצואה ומשתן אנושיים בבניינים המחוברים לתשתית ביוב מקומית. מעבר להשפעה של המגיפה על בריאות האדם, היא גם החריפה קשיים סוציו-אקונומיים והגדילה את מספר האנשים שחווים מחוסר בית ומתגוררים במאהלים באוויר הפתוח ללא גישה לחדרי שירותים מקורים. כדי להבין את השכיחות של COVID-19 בקרב אנשים שחיים ללא מחסה, אדווין אה ועמיתיו בדקו עבור SARS-CoV-2 בנתיבי מים ליד מאהלים מחוץ ללאס וגאס מדצמבר 2021 ועד יולי 2022.
באמצעות תגובת שרשרת פולימראז כמותית, החוקרים זיהו SARS-CoV-2 RNA ביותר מ-25% מהדגימות שנבדקו משני ערוצי בקרת שיטפון. תדירות הגילוי הגבוהה ביותר במהלך תקופת המחקר התאימה לגל הראשון של לאס וגאס של זיהומים מסוג אומיקרון, כפי שאושר באמצעות בדיקות מקבילות במפעל טיהור שפכים מקומי. החוקרים אומרים שתוצאות אלו מצביעות על כך שרמה דומה של העברה התרחשה בתוך הקהילה הבלתי מוגנת כמו שהייתה בקרב האוכלוסייה הכללית. לאחר מכן החוקרים ערכו רצף גנום שלם כדי לזהות את גרסאות ה-SARS-CoV-2 בנתיבי המים. דגימות אלה הכילו במידה רבה את אותן גרסאות שזוהו בקהילה הרחבה יותר. ניתוח חישובי מעמיק יותר של הרצפים הוויראליים זיהה שלוש מוטציות חדשות של חלבון ספייק נגיפי בדגימות מסוימות של נתיבי מים, אך החוקרים עדיין לא בדקו איזו השפעה עשויה להיות למוטציות הללו על תפקוד ויראלי או תוצאות קליניות. ללא קשר, היכולת לזהות ולזהות SARS-CoV-2 בדגימות מים סביבתיות יכולה לסייע בשיפור אמצעי בריאות הציבור עבור קהילה שלעתים קרובות מיוצגת בתת-ייצוג בשיטות המעקב הנוכחיות. החוקרים אומרים גם שניטור דרכי מים יכול להזהיר את גורמי הבריאות מפני גרסאות בלתי צפויות שמסתובבות בקהילה.
