חוקרים מאוניברסיטת קליפורניה בסן דייגו פרסמו הנחיות חדשות שיכולות לעזור למדענים לשפר משמעותית את התוצאות שלהם בעת כימות האינטראקציות בין DNA וחלבונים. הבנת האינטראקציות הללו היא קריטית להבנתנו את הביולוגיה האנושית בכלל, ויכולה גם לעזור למדענים לפתח טיפולים חדשים למגוון רחב של מחלות, כולל סוגי סרטן רבים.
החוקרים התמקדו בנורמליזציה של ספייק-אין, טכניקת ביולוגיה מולקולרית בשימוש נרחב המסייעת להבטיח תוצאות מדויקות ואמינות. נורמליזציה של ספייק-אין כוללת הוספת כמות ידועה של כרומטין (DNA והחלבונים הקשורים) לדגימה לפני שהיא נחקרת, מה שעוזר לחוקרים להסביר את השונות בין מספר דגימות המושוות זו לזו. נורמליזציה של ספייק-אין שימושית במיוחד להשוואה בין שני מצבים – כמו להעריך את ההשפעה של תרופה (השוואה מטופלת מול לא מטופלת) או מוטציה או מחיקה בגן מפתח (השוואה רגילה מול מוטנטית).
על ידי חקירת מערכי נתונים זמינים לציבור המשתמשים בנורמליזציה של ספייק-אין, החוקרים הצליחו לזהות תרחישים נפוצים שבהם נעשה שימוש לרעה בנורמליזציה של ספייק-אין בקלות ובהם בנייה של אמצעי בקרת איכות נוספים ו"מעקות בטיחות" אחרים לתוך הטכניקה יכולה לשפר את התוצאות או להימנע מפרשנות שגויה. על ידי ניתוח מחדש של נתונים אלה ועריכת ניסויים נוספים משלהם, הצוות הצליח לפתח רשימה של תשע המלצות מפתח לחוקרים באמצעות נורמליזציה של ספייק-אין שיכולה להגביר מאוד את הדיוק של התוצאות שלהם. אמצעים אלה כוללים הבטחת צעדי בקרת איכות עקביים, ביצוע שיטות עבודה מומלצות לניתוח חישובי, ואימות התוצאות באמצעות טכניקות ניתוח אחרות.
"מחקרים רבים משתמשים בנורמליזציה של ספייק-אין, והתוצאות שלנו מעמידות בסימן שאלה את המסקנות הביולוגיות שהוסקו מגישה זו", אמר הסופר הבכיר אלון גורן, Ph.D.
ההמלצות שלנו יכולות לעזור להסביר כמה מהמלכודות של נורמליזציה של ספייק-אין, כך שעדיין נוכל לקצור את היתרונות של טכניקה חשובה זו."
אלון גורן, אוניברסיטת קליפורניה – סן דייגו
המחקר פורסם ב-13 בספטמבר 2024 ב טבע ביוטכנולוגיה ונערך על ידי לורן פאטל ויוואי קאו באוניברסיטת סן דייגו ואריק מנדנהול, Ph.D. במכון HudsonAlpha לביוטכנולוגיה. את המחקר הובילו יחד אלון גורן, Ph.D., וכריסטופר בנר, Ph.D., שניהם פרופסורים חבר במחלקה לרפואה בבית הספר לרפואה של אוניברסיטת סן דייגו.
