מכריזה על פרסום מאמר חדש עבור זונוזות כְּתַב הָעֵת. נמצא כי העברה זואונוטית של נגיף קורונה נשימתי חריף 2 (SARS-CoV-2) גורמת לזיהומים ביותר מ-30 מיני יונקים. חלבון ספייק ה-SARS-CoV-2 נקשר לקולטן פני השטח של תא האנגיוטנסין של המארח 2 (ACE2) כדי להיכנס לתא. לכן, שימור רצף חלבון ACE2 הוערך על פני מינים, ומינים עם החלפות חומצות אמינו ב-ACE2 דורגו נמוך עבור רגישות לזיהום ב-SARS-CoV-2. עם זאת, רבים מהמינים הללו נדבקו בנגיף.
מחקר זה חקר את השימור של 24 מטרות חלבון מארח, כולל חלבוני הכניסה ACE2 וסרין פרוטאז טרנסממברני 2 (TMPRSS2); 21 חלבונים במסלול התגובה האנטי-ויראלית של אינטרפרון-I (IFN-I); וטטרין, חלבון שמדכא שחרור ויריון חדש מהתאים. גישות ביואינפורמטיקה כוללות רצף יישור לניבוי רגישות בין מינים (SeqAPASS), סביבת הפעלה מולקולרית (MOE) ותוכנת iCn3D שימשו להשוואת דמיון רצף חלבון, תחומים משומרים וחומצות אמינו קריטיות לאינטראקציות מארח-ויראלי חלבון-חלבון. סוגים של אינטראקציות מקשר נבדקו, והתוצאות הושוו עם נתונים אמפיריים המציינים אילו מינים נדבקו או לא נדבקו.
גישת מסלול זו חשפה כי 1) 13 חלבונים נשמרו, בעוד שחמישה חסרים נתונים מספיקים כדי לקבוע חומצות אמינו קריטיות ספציפיות; 2) השונות בממשקי חלבון-חלבון נסבלת עבור תחליפים רבים של חומצות אמינו, ותחליפים אלה עוקבים אחר דגמים טקסונומיים במקום בקורלציה עם מצב זיהום במין שנקבע אמפירית; ו-3) ארבעה חלבונים (MDA5, NEMO, IRF3 ו-ISG15) הכילו תחומים פוטנציאליים או חומצות אמינו ספציפיות שהחלפתן עלולה לגרום לשיבוש PPI.
עבודה זו מספקת הוכחה לכך שתחליפים מסוימים בארבעה חלבוני מסלול אנטי-ויראלי IFN-I מסוגלים לשבש אינטראקציות ועשויות להיות ייחודיות למינים עמידים, ובכך עשויות לסייע בקביעת הסבירות של מינים להעביר SARS-CoV-2.
