מחקר ציון דרך בראשות בית הספר לרפואה Duke-NUS חשף שלמרות המגיפה האחרונה, מאמצי גילוי התפרצויות נותרו בחסרי משאבים בדרום ודרום מזרח אסיה, כאשר רק כמחצית מהמדינות שנסקרו שילבו יוזמות מעקב גנומי של פתוגנים בתוכניות הלאומיות שלהן. פורסם ב מיקרוביולוגיה של הטבע כיום, המחקר גם מזהה סדרי עדיפויות מרכזיים לשיפור המוכנות של האזור נגד מגיפות עתידיות.
המחקר, שנערך במשך 12 חודשים בין 2022 ל-2023, מנתח תגובות על יכולת רצף גנומי לזיהוי פתוגנים מ-13 מתוך 19 מדינות המרכיבות את דרום ודרום מזרח אסיה.
מגיפת COVID-19 הדגישה את החשיבות של מעקב גנומי, שהיה חיוני בזיהוי SARS-CoV-2, ניטור גרסאותיו ועיצוב חיסוני COVID-19. ההשקעות הללו, שהתמקדו בתחילה במעקב אחר SARS-CoV-2, משמשות כעת לטיפול בסדרי עדיפויות אחרים של מחלות, כולל שחפת עמידה לתרופות, זיהומים חיידקיים הנישאים במזון, דנגי או כדי לעקוב אחר התפרצות שפעת העופות A (H5N1).
בעוד שלכל 13 המדינות יש יכולת לאומית לריצוף גנומי, רק 7 מתוך 13 המדינות המוערכות שילבו ריצוף גנומי של פתוגן בתוכניות האסטרטגיות הלאומיות שלהן למעקב אחר מחלות זיהומיות. בנוסף, רק 6 מדינות קבעו הנחיות לשימוש בגנומיקה של פתוגנים למעקב אחר מחלות זיהומיות. היעדר הנחיות לאומיות למעקב גנומי של פתוגנים מסבך את היישום והקצאת המשאבים. סגירת פערים אלו חיונית לשיפור היעילות והקיימות של מערכות מעקב ותגובה למחלות זיהומיות.
למרות שמעודד לראות יכולת מסוימת לרצף גנומיקה של פתוגנים, כולל במדינות בעלות משאבים נמוכים באזורנו, עדיין יש מקום לחיזוקה. זה חיוני שרצף פתוגנים ישמש כדי למקסם את ההשפעה על בריאות הציבור באמצעות מעקב, תגובה ובקרה של מחלות זיהומיות. הערכת המצב והצרכים הנוכחיים הייתה צעד ראשון מכריע".
עוזר פרופסור רוקלנתי דה אלוויס, סגן מנהל מרכז Duke-NUS למוכנות להתפרצות
המאמר זיהה גם חמישה אתגרים ספציפיים איתם מתמודד האזור באימוץ רצף גנומי למעקב אחר מחלות זיהומיות:
- מימון: מדינות דיווחו על הסתמכות על מממנים חיצוניים עבור רצף פתוגנים. בכל 13 המדינות שנסקרו, 57 אחוז מהמשאבים הפיננסיים והאחרים מגיעים מתורמים חיצוניים, ואחריהם המגזר הציבורי (32 אחוז) ומוסדות אקדמיים (6 אחוזים).
- כוח אדם מיומן: זמינות מוגבלת של צוות מעבדה מיומן וצוות שהוכשר בביואינפורמטיקה לעיבוד רצף גנומי וניתוח תוצאות.
- עלות: העלות של ציוד הקשור לרצף גנומי גבוה באופן בלתי אפשרי ומדינות רבות באסיה מוגבלות במשאבים מדווחות על תשלום גבוה יותר עבור ריצוף גנומי בהשוואה למדינות בעלות הכנסה גבוהה יותר.
- שרשרת אספקה: שרשרת האספקה של ציוד ריצוף גנומי וריאגנטים היא איטית, עם הזמנות חדשות בממוצע של חודשיים להגיע למעבדות.
- זמן אספקה: עיכובים של מספר שבועות בין איסוף הדגימות לזמינות הנתונים הגנומיים מעכבים שימוש בזמן במידע זה כדי להנחות פעולות בריאות הציבור.
ד"ר ת'ימותי ג'ון דיזון ממכון המחקר לרפואה טרופית בפיליפינים אמר:
"מגיפת ה-COVID-19 שימשה קריאת השכמה קריטית למערכות בריאות ברחבי העולם, והדגישה את הערך העצום של הגנומיקה במאבק בפתוגנים ובעיצוב תגובות בריאות הציבור. האופי המורכב של הגנומיקה דורש שינוי בשיטות המעקב שלנו ויש לו באופן משמעותי חיזק את שיתוף הפעולה בין מעבדות בריאות הציבור, יחידות המעקב והמוסדות האקדמיים של הפיליפינים כדי למקסם את ההתקדמות הללו, חיוני לחזק ולקיים השקעות על ידי טיפוח שיתוף פעולה רחב יותר ושותפויות הן באזור והן בקנה מידה עולמי.
ד"ר Khoo Yoong Khean, קצין מדעי ממרכז Duke-NUS למוכנות להתפרצות, הוסיף:
"גנומיקת פתוגנים היא חידוש עם השפעה משמעותית על בריאות הציבור, וכל האזור שלנו ייהנה מהדרכה על תכנון ותקצוב יעיל של הגנומיקה. אסיה עומדת בפני סיכון גבוה להתפרצויות של מחלות זיהומיות עקב גורמים כמו אוכלוסיות צפופות, שיעורי ניידות גבוהים, תנאי מים ותברואה ירודים, אינטראקציות תכופות בין אדם לבעלי חיים, מתח אקלים וסביבה המשתנה במהירות חיזוק הגילוי המוקדם באמצעות מעקב אחר מחלות זיהומיות הוא חיוני למוכנות להתפרצות אזורית.
מתודולוגיה של המחקר
מחקר זה נערך בשיתוף פעולה עם שותפים מבנגלדש, ברוניי דארוסלם, קמבודיה, אינדונזיה, לאו PDR, מלזיה, מיאנמר, נפאל, פקיסטן, הפיליפינים, סרי לנקה, תאילנד ווייטנאם. ההשתתפות הייתה וולונטרית והמחקר כלל נתונים מכל 13 המדינות.
שותפים מרכזיים בכל אחת מהמדינות המשתתפות זוהו כדי לקחת חלק בסקר מעמיק, וכתוצאה מכך סך של 42 מוסדות מקומיים מרכזיים תורמים נתונים. ארגונים אלה הגיעו ממגזרים מגוונים, כולל גופים ממשלתיים, מוסדות אקדמיים, מעבדות ציבוריות וארגונים לא ממשלתיים.
בהתבסס על תשובות הסקר, 25 אינדיקטורים סיכום נבחרו ואז חושבו כדי להעריך את המצב האזורי של מעקב גנומי פתוגן. אינדיקטורים אלה מכסים תחומים כמו שותפויות, מימון, מדיניות והנחיות, שרשרת אספקה, תשתית מעבדה, ביואינפורמטיקה, אבטחת איכות ושיתוף נתונים והשפעה.
המחקר פורסם במסגרת יוזמת Asia Pathogen Genomics (Asia PGI), קונסורציום אזורי המארח Duke-NUS המוקדש לקידום גנומיקת פתוגנים. הקונסורציום הקים אקדמיית הכשרה מיוחדת ב-Duke-NUS, המאפשרת למדינות לשתף פעולה באמצעות תכניות מותאמות הנותנות מענה לאיומי בריאות בראש סדר העדיפויות באסיה. שותפים מרכזיים בעבודה זו כוללים את המכון לביואינפורמטיקה בסוכנות המדע לטכנולוגיה ומחקר של סינגפור.
בשיתוף עם המרכז האמריקאי לבקרת מחלות ומניעתן (US CDC), Asia PGI מארגנת גם בהמשך השנה סדנה משותפת בנושא תכנון ויישום לאומיים של גנומיקת פתוגנים למעקב אחר מחלות זיהומיות.
פרופסור לינפה וואנג, המנהלת המבצעת של התוכנית למחקר במוכנות ותגובה למגיפות (PREPARE), הוסיפה:
"בעוד שגנומיקה חיונית למעקב, מדינות זקוקות גם לכלים חדשים בערכת הכלים שלהן לתגובה להתפרצות. PREPARE ואסיה PGI ימשיכו לעבוד עם שותפים אזוריים כדי לשפר את העמידות בפני מגיפות ומגפות עתידיות, ובטווח הארוך יותר, מינוף יכולת הגנומית לפיתוח מהיר אבחון וחיסונים חדשים יהיו תחום תמיכה מכריע במאמצים שלנו".
