מחקר שיתופי בינלאומי חדש מספק רשימה של מיני חיות הבר הקיימות בשוק שמהם צמח ככל הנראה ה-SARS-CoV-2, הנגיף האחראי למגיפת COVID-19, בסוף 2019. המחקר מבוסס על ניתוח חדש של נתונים metatranscriptomic שפורסמו על ידי המרכז הסיני לבקרת מחלות ומניעתן (CDC). הנתונים מגיעים מיותר מ-800 דגימות שנאספו בשוק הסיטונאי של מאכלי ים של Huanan ובסביבתו החל מה-1 בינואר 2020, ומגנומים ויראליים שדווחו מחולי COVID-19 מוקדמים. המחקר מופיע ב-19 בספטמבר בכתב העת תָא.
"זהו אחד ממערכי הנתונים החשובים ביותר שקיימים על מקור מגיפת ה-COVID-19", אומרת הסופרת המתכתבת Florence Débarre מהמרכז הלאומי הצרפתי למחקר מדעי (CNRS). "אנו אסירי תודה על כך שהנתונים קיימים ושחולפו."
מאמר זה מוסיף נדבך נוסף לראיות המצטברות שכולן מצביעות על אותו תרחיש: שחיות נגועות הוכנסו לשוק באמצע עד סוף נובמבר 2019, מה שעורר את המגיפה".
כריסטיאן אנדרסן, מחקר סקריפס
"ניתחנו, בדרכים חדשות וקפדניות, את הנתונים החשובים ביותר שצוות ה-CDC הסיני אסף", אומר הסופר השותף מייקל וורוביי מאוניברסיטת אריזונה. "זהו ניתוח סמכותי של הנתונים האלה וכיצד הם משתלבים עם שאר מכלול הראיות העצום שיש לנו לגבי איך המגיפה התחילה."
ב-1 בינואר 2020, לאחר הוצאת החיות ושעות ספורות לאחר סגירת השוק, יצאו חוקרים מה-CDC הסיני לשוק כדי לאסוף דגימות. הם שטפו את הרצפות, הקירות ומשטחים אחרים של הדוכנים; הם חזרו כעבור ימים כדי להתמקד במשטחים בדוכנים שמוכרים חיות בר, כמו כלוב ועגלות המשמשות להנעת בעלי חיים, ולאחר מכן גם אספו דגימות מהניקוז והביוב.
הם ביצעו רצף מטטרנסקריפטומי של הדגימות, טכניקה שמטרתה להשיג את כל רצפי ה-RNA (ויכולים לקלוט גם DNA) מכל האורגניזמים הקיימים בדגימות – וירוסים, חיידקים, צמחים, בעלי חיים, בני אדם. צוות ה-CDC הסיני, בראשות ליו ג'ון, פרסם את הנתונים והתוצאות שלהם ב-2023 בכתב העת טֶבַע. עם זאת, המאמר השאיר ללא פתרון את הזהויות המדויקות של מיני החיות שנמצאו בנתונים שיכולים לייצג מארחי ביניים סבירים. ה-CDC הסיני שיתף את נתוני הרצף שלהם על מאגרים ציבוריים ופתוחים.
על פי הניתוח האחרון של הנתונים הללו המתפרסם ב תָאSARS-CoV-2 היה קיים בחלק מאותם דוכנים כמו חיות בר שנמכרו בשוק – כולל כלבי דביבון (חיות קטנות דמויות שועל עם סימונים דומים לדביבונים) וחתולי סיבט (יונקים טורפים קטנים הקשורים לנמיות ולצבועים) . במקרים מסוימים, חומר גנטי מנגיף ה-SARS-CoV-2 ובעלי חיים אלה אפילו נמצא על אותם ספוגיות. מיני בעלי החיים המדויקים זוהו על ידי גנוטיפ של הגנום המיטוכונדריאלי שלהם בדגימות.
"רבים ממיני בעלי החיים המרכזיים נוקו לפני שהגיעו צוותי ה-CDC הסיניים, כך שאין לנו הוכחה ישירה לכך שהחיות נדבקו", אומר דבאר. "אנחנו רואים את רוחות הרפאים של ה-DNA וה-RNA של בעלי החיים האלה בדגימות הסביבתיות, וחלקם נמצאים בדוכנים שבהם נמצא גם SARS-CoV-2. זה מה שהיית מצפה בתרחיש שבו היו בעלי חיים נגועים בשוק ."
"אלה הם אותם סוגי בעלי חיים שאנחנו יודעים שהובילו לווירוס ה-SARS המקורי לקפוץ לבני אדם ב-2002", מוסיף וורוביי. "זה הדבר הכי מסוכן שאנחנו יכולים לעשות – לקחת חיות בר השופעות וירוסים ואז לשחק באש על ידי הבאתן במגע עם בני אדם החיים בלב הערים הגדולות, שצפיפות האוכלוסין שלהן מקלה על הנגיפים האלה תפוס."
הצוות הבינלאומי גם ביצע ניתוח אבולוציוני של הגנומים הנגיפים המוקדמים ביותר שדווחו במגיפה, כולל רצפים סביבתיים אלה, והסיק את הגנוטיפים הסבירים ביותר של הנגיף שהדביק בני אדם והוביל למגיפת COVID-19. התוצאות מרמזות שהיו מעט מאוד בני אדם, אם בכלל, שנדבקו לפני התפרצות השוק. זה עולה בקנה אחד עם זליגה מבעלי חיים לבני אדם בשוק. ייתכן גם שהיו זליגה של השפעה מוגבלת בסחר בבעלי חיים מיד במעלה הזרם.
"במאמר זה, אנו מראים שהרצפים המקושרים לשוק עולים בקנה אחד עם הופעת שוק", אומר דבאר. "המגוון העיקרי של SARS-CoV-2 היה בשוק מההתחלה."
המחקר החדש נחת ברשימה קצרה של מיני בעלי חיים בשוק הרטוב שנמצאו במקביל או קרובים לדגימות ויראליות שיכולות לייצג את מארחי הביניים הסבירים ביותר ל-SARS-CoV-2. כלב הדביבון המצוי, מין רגיש ל-SARS-CoV-2 ושנשא את SARS-CoV ב-2003, נמצא כחיה הגנטית השופעת ביותר בדגימות מדוכני חיות בר בשוק. חומר גנטי מסיבטים של דקלים רעולי פנים, שהיו קשורים גם להתפרצות מוקדמת יותר של SARS-CoV, נמצא גם בדוכן עם SARS-CoV-2 RNA. מינים אחרים כמו עכברוש הבמבוק החורפי ודורבנים מלאים נמצאו גם הם בדגימות חיוביות ל-SARS-CoV-2, כמו גם שפע של מינים אחרים.
בעוד שהנתונים אינם יכולים להוכיח אם אחד או יותר מהחיות הללו אולי נדבקו, הניתוחים של הצוות מספקים רשימה ברורה של המינים שבסבירות גבוהה היו יכולים לשאת את הנגיף ומידע גנטי שיכול לשמש כדי לסייע במעקב אחר מקורם.
החוקרים מדגישים את החשיבות של הבנת מקורות מגיפת ה-COVID-19, במיוחד לאור זליגות אחרות לאחרונה, כמו התפשטות נגיפי שפעת העופות בבקר בארצות הברית. "היה הרבה דיסאינפורמציה ומידע מוטעה לגבי מקור ה-SARS-CoV-2", אומר וורוביי. "הסיבה שזה כל כך חשוב לברר היא שזה משפיע על הביטחון הלאומי ובריאות הציבור, לא רק בארה"ב אלא ברחבי העולם. והאמת היא שמאז שהמגיפה התחילה לפני יותר מארבע שנים, למרות שהיה התמקדות מוגברת בבטיחות במעבדה, לא נעשה הרבה כדי להקטין את הסיכוי שתרחיש זואונוטי כמו זה יקרה שוב."
