מסד נתונים שניתן לחיפוש מוכן כעת לסייע בחקר מחלת האלצהיימר.
חוקרי מדעי המוח ואינפורמטיקה ביו-רפואית במרכז הרפואי וקסנר של אוניברסיטת אוהיו סטייט ובקולג' לרפואה יצרו את המאגר המקיף והידידותי למשתמש.
מסד הנתונים החינמי – המכונה ssREAD – מתואר בכתב יד שפורסם באינטרנט ב תקשורת טבע.
מחלת אלצהיימר היא הגורם השכיח ביותר לדמנציה, ומהווה עד 80% מהמקרים. על פי ההערכות, כ-6.7 מיליון אמריקאים בני 65 ומעלה חיים היום עם דמנציה של אלצהיימר, על פי דיווח העובדות והנתונים על מחלת האלצהיימר של איגוד האלצהיימר משנת 2023.
מסד נתונים זה יעזור לחקור את הפתולוגיה של מחלת האלצהיימר. הפתולוגיה בוחנת את הגורם, ההתפתחות, השינויים המבניים/תפקודיים וההיסטוריה הטבעית הקשורים למחלות.
חתימות מולקולריות העומדות בבסיס הפתולוגיה של מחלת אלצהיימר נחקרו יותר ויותר באמצעות רצף RNA של תא בודד וגרעין בודד (scRNA-seq & snRNA-seq) ותעתיק מרחבי.
טכנולוגיות אלו הטילו אור חדש על חקר הפתוגנזה של מחלת האלצהיימר וההבדל בין המינים ברמה התאית והמולקולרית. מאגר ה-ssREAD שלנו מציע קשת רחבה יותר של מערכי נתונים הקשורים למחלת אלצהיימר, עם צינור אנליטי אופטימלי ושימושיות משופרת."
הונגג'ון "הארי" פו, דוקטורט, סופר מתכתב במחקר, עוזר פרופסור למדעי המוח במדינת אוהיו
מערכי נתונים
מסד הנתונים כולל 277 מערכי נתונים משולבים מ-67 מחקרי scRNA-seq ו-snRNA-seq הקשורים למחלת אלצהיימר, הכוללים 7,332,202 תאים. המאגר כולל גם 381 דגימות תעתיק מרחביות מ-85 מחקרים על בני אדם ועכברים.
- הערות מפורטות כולל סוגי תאים ושכבות מרחביות
- ביטויי גנים דיפרנציאליים וניתוח העשרה תפקודית
- גנים משתנים מרחבית ודקונבולציה עם מערכי נתונים של תא בודד
הדמיות אינטראקטיביות
שרת אינטרנט ידידותי למשתמש המספק פרשנויות ניתוח מקיפות ומסננים תומך בבחירות מרובות
- עלילות פיזור עבור אשכולות, סוגי תאים ושכבות מרחביות
- עלילות תכונה ועלילות כינור לפרופיל ביטוי גנים
- ניתוח העשרה של סט גנים בזמן אמת
