מחקר חדש של UNC Charlotte's Center for Computational Intelligence לניבוי סיכונים בריאותיים וסביבתיים (CIPHER) מצא ששני הזנים הנפוצים ביותר של הנגיף הגורמים ל-COVID-19, גרסאות SARS-CoV-2 BA.2.86 ו-JN.1, הם לא טוב משמעותית מקודמו אומיקרון בהתחמקות מתגובות חיסוניות וגרימת זיהומים למרות שיש להם מספר גבוה של מוטציות בהשוואה לגרסאות קודמות.
כאשר זוהו לראשונה, נצר של Omicron BA.2.86 וקרוב משפחתו JN.1 העלו דאגות משמעותיות לבריאות הציבור. חששות אלו היו קשורים לעובדה שהווריאציה המקורית של Omicron עברה מוטציה גבוהה, וכתוצאה מכך הן התחמקות חיסונית והן לזיהום פורץ דרך, כמו גם יותר זיהומיות ועם מוטציה גבוהה יותר בהשוואה לגרסאות קודמות.
היו כמה השערות שמספר רב של מוטציות חדשות ב-BA.2.86 ו-JN.1 העניקו יכולת גדולה יותר של וריאנטים אלה לחמוק ממערכת החיסון האנושית ולהיות יותר מועברים. ניתוחים חישוביים מקיפים שבוצעו על ידי צוות של חוקרים וסטודנטים של UNC Charlotte קבעו שלווריאציות אלו היו רק שינויים קטנים, חסרי משמעות סטטיסטית, בכושר ההתחמקות החיסונית ויכולת ההדבקה בהשוואה לגרסאות קודמות, כולל Omicron.
התוצאות האלה ממש הפתיעו אותי. העובדה שאומיקרון, עם מערך המוטציות הגדול שלו, הובילה להתחמקות חיסונית גדולה יותר ולעלייה במספר המקרים והאשפוזים הייתה צפויה. עם זאת, ל-BA.2.86 ול-JN.1 יש עוד קבוצה גדולה של מוטציות, ולמרות שראינו כמה איתותים לשכיחות מוגברת של שתי הווריאציות הללו במעקב אחר שפכים וגנומי, לא היה עלייה גדולה נלווית במקרים או בנטל בבית החולים ."
דניאל ג'ניס, מנהל משותף של CIPHER והפרופסור המכובד לביואינפורמטיקה וגנומיקה של קרול גרוטנס בלק במכללה למחשוב ואינפורמטיקה
כדי להעריך את ההתחמקות החיסונית של BA.2.86 ו-JN.1, צוות המחקר של UNC Charlotte ביצע מחקר נרחב בסיליקו ניתוח של ה-Receptor Binding Domain (RBD; אזור הגנום הנגיפי שכנגדו מתוכננים חיסונים) של SARS-CoV-2, השוואה בין שתי הגרסאות החדשות יותר לגרסאות קודמות כדי לחשב את זיקת הקישור היחסית של נטרול נוגדנים ל-RBD מחוסנים חולים, חולים נגועים ומקורות טיפוליים. בנוסף לניתוח נוגדנים, החוקרים חישבו את זיקת הקישור היחסית של BA.2.86 ו-JN.1 לאנזים הממיר אנגיוטנסין-2 (ACE2) בהשוואה לגרסאות קודמות.
הצוות מצא שינויים קלים באפיניות הקישור לנטרול נוגדנים ו-ACE2 עבור BA.2.86 ו-JN.1 בהשוואה לגרסאות קודמות של SARS-CoV-2. עם זאת, שינויים אלה לא היו מובהקים סטטיסטית. לפיכך, הם הגיעו למסקנה של-BA.2.86 ו-JN.1 אין עלייה משמעותית בכושר ההתחמקות החיסונית או הזיהום ביחס לגרסאות קודמות. בהסבר התוצאות שלהם, החוקרים מזהירים שמעקב גנומי, שסופר מוטציות או שכיחות יחסית של וריאנט, אינו חושף בהכרח את ההשפעות התפקודיות והבריאותיות של הווריאציה.
במחקר הממתין לפרסום המתאר את המחקר שלהם, הצוות דן ביתרונות הגישה שלהם להבנת הפונקציה של וריאנטים ובצורך במחקרים עתידיים להערכת שונות מחוץ ל-RBD לצורך ניתוח עתידי. מחקרים עתידיים בתחום זה ייהנו מהתמקדות מוגברת בנוגדנים שמקורם בתאי B בזיכרון המייצרים נוגדנים בתגובה ל-SARS-CoV-2.
"בחולים שמערכת החיסון שלהם נחשפו לגרסה קודמת של Omicron, תאי B בזיכרון עשויים לספק הגנה משמעותית לגרסאות החדשות יותר של Omicron BA.2.86 ו-JN.1", אמרה שיריש יאסה, בכירה כיום בביואינפורמטיקה ומדעי המחשב בשרלוט. עזר לבצע את המחקר הזה. "הגנה זו הניתנת על ידי נוגדנים שמקורם בתאי B בזיכרון היא תהליך שעדיין לא נחקר היטב. עלייה ב-Omicron המתמקדים בתאי B בזיכרון באמצעות חיסון וזיהום קודם עשויה להיות גורם משמעותי בצמצום הכולל שראינו באשפוזים ובמקרי מוות עבור מטופלים שנחשפו לצאצאי הגרסה המקורית של Omicron."
מחקר זה תורם להבנה התפקודית של גרסאות SARS-CoV-2 BA.2.86 ו-JN.1, תוך התבססות על מחקרים של מעקב גנומי. יתרה מכך, מאמץ זה של UNC Charlotte הציג מתודולוגיות חדשות לאימונולוגיה חישובית פונקציונלית, אשר יסייעו במאמצים המתמשכים למתן את ההשלכות של מגיפת COVID-19.
