בעולם, יותר ממחצית מהחולים מתים לאחר הידבקות במחלה הטרופית המוזנחת, מליואידוזיס, לעתים קרובות לפני שהם מאובחנים. בדיקה מהירה חדשה יכולה להציל חיים על ידי אבחון חולים תוך שעות, במקום מספר ימים שלוקחים בשיטות התרבות החיידקיות הנוכחיות, כלומר הם מקבלים את האנטיביוטיקה הנכונה מהר יותר.
הבדיקה משתמשת ב-CRISPR כדי לזהות יעד גנטי שספציפי אליו Burkholderia pseudomallei, החיידק הגורם למליואידוזיס, עם רגישות של 93 אחוז. הוא פותח על ידי חוקרים מהיחידה לחקר הרפואה הטרופית Mahidol-Oxford (MORU), אוניברסיטת צ'יאנג מאי, מכון Vidyasirimedhi למדע וטכנולוגיה (VISTEC) בתאילנד, ומכון Wellcome Sanger בבריטניה.
התוצאות, שפורסמו היום (14 במרץ) ב Lancet Microbeפירוש הדבר שניתן להציל חיים נוספים ממליואידוזיס, עם בדיקת אבחון מהירה וקלה לשימוש שניתן להפיץ ברחבי העולם.
מליואידוזיס היא מחלה טרופית מוזנחת שלפי ההערכות פוגעת ב-165,000 אנשים ברחבי העולם מדי שנה, מתוכם 89,000 מתים מהמחלה. זה נגרם על ידי החיידק, Burkholderia pseudomalleiשחי באדמה ובמים באזורים טרופיים וסובטרופיים, וחודר לגוף האדם באמצעות חיסון באמצעות שחיקות עור, בליעה או שאיפה.
קשה לאבחן מליואידוזיס שכן הסימפטומים משתנים ממורסה מקומית או דלקת ריאות ועד ספטיסמיה חריפה, או עלולים להופיע כזיהום כרוני. כתוצאה מכך, וממיקומן של קהילות מבודדות באזורים כפריים שהיא פוגעת בעיקר, המחלה נותרה בדיווח נמוך מאוד.
נכון לעכשיו, מלואידוזיס מאובחנת בחולים לאחר תרבית דגימות חיידקים, מה שנמשך שלושה עד ארבעה ימים. בתאילנד, כ-40 אחוז מהחולים עם מלואידוזיס מתים, רבים מהם מתים במהלך היומיים-יומיים הראשונים לאחר האשפוז בבית החולים, בעודם ממתינים לאבחנה.
אין חיסון מורשה למליואידוזיס, אך ניתן לטפל בחולים ביעילות באנטיביוטיקה תוך ורידית – ceftazidime או carbapenem – במהלך השלב האינטנסיבי הראשון של הטיפול. עם זאת, הפרקטיקות הנוכחיות כוללות לעיתים קרובות טיפול תחילה בחולים במגוון של אנטיביוטיקה מיותרת כדי למקד את התסמינים השונים שהמחלה מייצרת, מה שעלול לבזבז זמן ומשאבים.
במחקר חדש, הצוות יצא לפתח בדיקה מהירה חדשה כדי להפחית את הזמן הנדרש לאבחון נכון ולטיפול בחולים עם מלואידוזיס.
החוקרים זיהו יעד גנטי ספציפי אליו B. pseudomallei על ידי ניתוח של למעלה מ-3,000 B. pseudomallei גנומים, שרובם רוצו במכון סנגר. הם חיפשו אזורים שמורים של הגנום ובחנו את המטרות כנגד פתוגנים אחרים וגנום מארח אנושי, כדי להבטיח שהיעד שנבחר שלהם היה ספציפי ל B. pseudomallei.
הבדיקה שלהם, הנקראת CRISPR-BP34, כוללת פריצת תאי חיידקים ושימוש בתגובת הגברה של ריקומבינאז פולימראז כדי להגביר את ה-DNA היעד של החיידק לרגישות מוגברת. בנוסף, נעשה שימוש בתגובת CRISPR כדי לספק סגוליות, ומשתמשים בקריאה פשוטה של 'דיפסטיק' זרימה לרוחב כדי לאשר מקרים של מלואידוזיס.
כדי להעריך את יעילות הבדיקה, הצוות אסף דגימות קליניות מ-114 חולים עם מליואידוזיס ו-216 מטופלים ללא המחלה בבית החולים Sunpasitthiprasong, בית חולים בצפון מזרח תאילנד שבו מליואידוזיס אנדמי. לאחר מכן הוחל מבחן CRISPR-BP34 על דגימות אלו.
הבדיקה החדשה הראתה רגישות מוגברת ב-93%, בהשוואה ל-66.7% בשיטות תרבית חיידקים. זה גם סיפק תוצאות תוך פחות מארבע שעות עבור דגימות שתן, מוגלה וליחה, ותוך יום אחד עבור דגימות דם. זהו שיפור משמעותי בהשוואה לשיטת האבחון הנוכחית של תרבית חיידקים, הנמשכת בדרך כלל שלושה עד ארבעה ימים.
בדיקת אבחון מהירה חדשה זו תאפשר לאנשי מקצוע בתחום הבריאות לרשום את האנטיביוטיקה הנכונה מהר יותר, כלומר פחות חולים ימותו בזמן ההמתנה לאבחנה. תוך חיסכון בזמן יקר, הבדיקה החדשה תחסוך גם משאבים וכסף, עם פחות אנטיביוטיקה מיותרת ופחות זמן לחולים באשפוז.
בשלבים הבאים של הצוות, הם מתכננים כעת ניסויים קליניים אקראיים כדי להראות את היעילות של בדיקות אלו במסגרות בית חולים. בנוסף, חברי הצוות יתחילו לחקור את תפקידה של הגנטיקה האנושית ברגישות ובתגובה חיסונית לזיהום במליואידוזיס.
ד"ר קלייר Chewapreecha, מחבר משותף ביחידת המחקר לרפואה טרופית Mahidol-Oxford (MORU), תאילנד, והעמית הבינלאומי של Wellcome Sanger Institute, אמר: "לעבודה באזורים הכפריים של תאילנד יש מגבלות רבות. אבל הראינו שמגבלות מולידות חדשנות, ומה מצליח כאן יכול להצליח בכל מקום. אני כל כך גאה בצוות שעומד מאחורי מבחן אבחון מהיר חדש וחזק זה למליואידוזיס, ומקווה שאפשר להשתמש בו בכל מקום בעולם כדי לקבל את הטיפולים הנכונים לחולים מהר יותר, ובסופו של דבר להציל חיים".
ד"ר Somsakul Wongpalee, מחבר משותף באוניברסיטת צ'יאנג מאי, תאילנד, אמר: "עיצבנו בקפידה את מבחן האבחון המהיר המבוסס על CRISPR-BP34, עם אלגוריתם חזק, ובדקנו את הביצועים שלה. בַּמַבחֵנָה. אנו נרגשים מכך שבדיקת CRISPR-BP34 מדגימה יעילות אבחנתית יוצאת דופן כאשר היא נבדקת על דגימות קליניות, ומציגה את הפוטנציאל שלה להשפיע באופן משמעותי על תוצאות המטופלים ועלול להציל חיים בעתיד הקרוב."
פרופסור ניק תומסון, מחבר בכיר וראש תחום טפילים ומיקרובים במכון Wellcome Sanger, אמר: "מחקר זה הוא עדות לשיתוף פעולה בינלאומי וכיצד היישום של גנומיקה בקנה מידה מוביל להתערבות קלינית. שימוש ביעד גנטי שנכרה מבנק מתוך אלפי גנומים חיידקיים, הצוות הצליח לייצר בדיקה רגישה להפליא שספציפית לחיידק שמאחורי המליואידוזיס. אני מצפה לראות את ההשפעות הקליניות של המחקר הזה".
פרופסור ניק דיי, מחבר בכיר ומנהל היחידה לחקר הרפואה הטרופית Mahidol-Oxford (MORU), תאילנד, ו-Wellcome Trust Thailand Asia and Africa Program, אמר: "מליואידוזיס הוזנחה למרות שיעור התמותה הגבוה והשכיחות הגבוהה אצל רבים. חלקים של אסיה. אבחון מוקדם הוא חיוני כדי שניתן יהיה להתחיל את הטיפול הספציפי הנדרש בהקדם האפשרי. לכלי האבחון המהיר החדש שפותח באמצעות שיתוף פעולה זה יש פוטנציאל להיות מחליף משחקים".
